五月十二，秀保準備返回日本，萬曆帝挽留，秀保婉拒，帝遂遣百官送至城外，實乃尊貴至極；
五月十三，闊別二十年後，萬曆帝決定上朝，一改荒怠，勵精圖治，朝堂上下無不驚喜萬分；
六月中，萬曆帝決心整頓吏治，治理朝堂黨爭，同時安撫流民，休養生息，重開海禁，鼓勵海外貿易，加強對西方知識的學習和自主創新；這一系列大刀闊斧的改革一直持續到五年後萬曆帝病逝，史稱“萬曆新政”；
八月初，萬曆帝敕封秀保為日本國王，同時按照國內親藩為之定號“和王”，位同朱氏親藩，朝臣多有上疏反對者，然帝異常堅決，百官只得奉詔；
十月中，萬曆帝於京師為秀保修建和王府，另配備雜役府兵千餘人，邀秀保每三年來京居住三月，秀保遣嫡子河內滿國赴京謝恩，帝賞金百兩，綢緞百匹；
十二月初，應秀保之請，萬曆帝派遣儒學大家及門生百餘人渡海赴日本講學，秀保於每律令國興建儒學館一所，要求各家大名子弟入館修學，每三年遣派品學兼優者五十人赴大明國子監深造，並且指明優先選派嫡子前往；此舉被後世認為是強化明日交流和文化同化的開始；
四年（160）
三月二十三日，水戶藩主石田三成不顧身患重病，執意前往伏見覲見秀保，在得到秀保“扶持秀賴成為關白”的承諾後溘然長逝，秀保感慨秀吉時代的老臣一一辭世，悲愴之中作和歌一首寄託哀思；
五月中，豐臣秀賴晉升為右大臣，河內滿國晉升從三位大納言，河內光國晉升正四位中納言，秀保辭去左大臣之職，外界認為這是為秀賴晉升關白做準備；
十月初，後水尾天皇駕臨伏見，希望秀保擔任太政大臣，秀保擔憂引起秀賴不滿，再次拒絕；藤堂高虎得知此事，暗中招來島清興和後藤基次商議；
十一月三日，藤堂高虎將家督之位傳予藤堂高次，自己前往伏見居住，與秀保諸子往來密切；
五年161
四月初五，大阪一帶發生地震，波及京都和伏見，京都御所因此受損，多名女官及大臣罹難，後水尾天皇幼子因驚嚇過度，在逃難途中夭折；秀保遣人將皇族接往伏見暫住，天皇深感其忠；
四月初八，天皇率眾返回御所，傍晚，眾人於御所後花園廢墟中發現一塊奇石，上以血書“清源歸流”，侍女報之天皇，天皇不得解，乃請陰陽寮之陰陽師土御門一族前來查探；
四月初九，陰陽師告知天皇，“清源”寓意“清和源氏”，“歸流”乃是迴歸“主流”之意，綜觀之，乃是上天告誡天皇，應該讓清和源氏迴歸皇室；天皇仍對之前喪子等氏心有餘悸，遂對陰陽師之言深以為是，然清和源氏眾多，應該如何做，天皇不得解；此時陰陽師告訴天皇，清和源氏分佈各地，但是按照尊卑，只需將清和源氏直系請回皇室便足以向上天表明誠意；天皇聽罷，立即遣人擬旨，命令秀保攜嫡子覲見；
四月十二，在和秀保一番商討後，天皇頒佈《皇籍奉還詔》，要求給予秀保及嫡子一脈皇族位分，秀保於伏見建宮，更名為保仁，是為“伏見宮保仁親王”，嫡長子更名為滿仁，嫡次子更名為利仁，秀保仍以親王身份兼任徵夷大將軍，然秀保庶子仍以河內為苗字；
八月初五，聽從秀保建議，天皇決定改明年年號為“開源”，以紀念皇籍奉還這一重大事件；秀保增獻山城四萬石為天皇御料地；
開源元年16
三月，秀保察覺皇籍奉還一事並未引起大名反抗，遂安心接受天皇詔令，繼任太政大臣；
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五月中，豐臣秀賴到訪，請求秀保為嫡子元服，秀保欣然應允，以“國”字賜之，是為豐臣秀國；
二年16
三月十二，上杉景勝病逝，嫡子定勝繼承新發田藩十五萬石；
八月四日，黑田長政病逝，嫡子忠之繼承三春藩十五萬石。
三年164
七月十三，福島正則病逝，家中發生騷亂，秀保出兵扶持嫡子繼承家業，但由於違反《武家諸法度》，沒收十萬石知行，將為三十五萬石；
九月初六，高臺院病逝，秀保將其與豐臣秀吉合葬；
四年165
4.7毛利輝元病逝，秀保遣河內光國前往悼念，期間得知毛利輝元無嗣，遂奏請秀保，以滿仁親王次子繼承毛利氏；
五月八日，次子抵達廣島，島清興為其元服，更名為毛利元清；
八月初八，萬曆帝病逝，長子繼位，是為泰昌帝，秀保親往京師朝賀，並奏請由滿仁親王繼任日本國王；
九月十九，秀保返回伏見，正式奏請天皇，卸任徵夷大將軍，以嫡長子滿仁繼位，同月，嫡次子利仁晉升正三位權大納言；
十月初八，後水尾天皇獨子染傷寒夭折，皇嗣問題成為朝堂焦點。
五年166
二月初七，豐臣秀賴晉升正二位左大臣，距離關白之位僅一步之遙；
三月中，泰昌帝病危，臨終前執意召見秀保，秀保得召，即刻動身前往京師；
三月二十，秀保抵達天津衛，與此同時，後水尾天皇於伏見遊玩時失足落水，傷重不治，與當晚病逝；滿仁親王得知訊息，連夜召見藤堂高虎、武田勝親及後藤基次等謀臣，眾人皆以為此乃天賜良機，遂召見時任關白菊亭良季（秀保側室菊亭持子長兄）如伏見宮，告知後水尾天皇殯天，菊亭良季大驚，不知所措；藤堂高虎建議滿仁一不做二不休，矯詔稱帝；菊亭良季深以為是，遂草擬遺詔，依計行事，史稱“丙寅之變”；
三月二十一，菊亭良季護送後水尾天皇遺體返回京都御所，召集諸公卿宣讀詔書，滿仁亦命令光國和利仁率兵進京“穩定局勢”；朝堂之上，菊亭矯稱後水尾去世前以秀保為皇太弟，令其繼承皇位；公卿大驚，然敢怒不敢言，且後水尾失獨子，以秀保為皇有益於提高公卿待遇，增強皇權，思忖之後對此予以預設；滿仁大喜，當即派人前往大明迎接秀保回國；
三月二十二，泰昌帝病故，委託秀保照顧天啟帝，秀保婉拒，推薦袁可立、熊廷弼入京輔命；
三月二十五，那須資吉抵達京師，將京都之事告知秀保，秀保無奈黃袍加身，只好返回京都；
四月十五日，秀保於京都登基稱帝，改年號為“皇統”，定伏見為陪都，立滿仁為太子，利仁為伏見宮親王；
五月至次年三月間，秀保按照大名宗藩制度進行改革，史稱“皇統革新” ；
1敕封嫡子為內親王，利仁為恭親王；
敕封庶子為國親王，河內光國為江（州）親王、河內政國為勢（州）親王、豐臣勝國為濃（州）親王、豐臣秀賴為攝（州）親王；
敕封秀次、秀賴（庶子）、庶孫一脈子孫為郡王，豐臣秀房為愛知郡王、豐臣秀光（秀賴庶長子）為南郡郡王、毛利元清為沼田郡王；
4敕封主要盟友及家臣為國公，宇喜多秀家為備國公、前田利政為賀國公、蒲生秀行為巖國公、德川忠直為總國公、池田利隆為越國公、淺野長晟為前國公、藤堂高虎為周國公、島清興為因國公；
5二十萬石以上、三十萬石以下其他大名敕封為郡伯，如福島高吉為明石伯、那須資吉為足羽侯；
6十萬石以上、二十萬石以下大名敕封為城侯，如後藤基次為鹿島侯、九鬼守隆鳥羽侯；
7十萬石以下大名無爵位，但若是王土奉還，可根據實際情況賜予響應爵位的待遇，如美濃本巢藩（八萬石）主織田秀雄最先奉還領地，秀保於京都為其建造屋敷，給予郡伯待遇。
此外，秀保還規定，郡伯或享有郡伯待遇以上的大名可與皇室通婚，大名間聯姻需要奏明朝廷，否則當解除婚約。
皇統元年167
五月九日，為鞏固王權，秀保令以心崇傳與藤堂高虎擬定《公卿諸法度》，法度規定：
1強制將藤原氏分家合併為一家，由菊亭良季為藤原長者，分支迴歸本家；
規定從今往後，關白為虛職，只能從藤原氏、大阪豐臣氏、清洲豐臣氏三家中選出；
規定從今以後，徵夷大將軍由太子兼任，下設三護國將軍，分別由恭親王一脈、近江河內氏、伊勢河內氏擔任，負責維護各方治安，但兵權需由徵夷大將軍授予；
4規定從今往後，左右大臣更名為左右丞相，左丞相以清洲豐臣氏、岐阜豐臣氏、周國公一脈優先，右丞相擇賢能任命。
《公家諸法度》使得《養老令》基本被廢除因而被稱為《皇統令》，公卿干預朝政的可能被基本排除，豐臣氏、河內氏在日本的統治得到極大程度的加強，此後歷代天皇都在《皇統令》基礎上進行修改，力圖穩定統治的同時又能擇優治國，影響深遠。
皇統十二年（168年）
七月十二日，秀保於朝賀歸國途中病逝，享年六十三歲，大明、日本兩國無不痛心疾首，後世上尊號“後清和天皇”。三日後，太子即位，為表孝心拒絕改元，這一慣例一直延續至今。（未完待續）