朵顏三衛為朵顏衛兀良哈部、泰寧衛翁牛特部、福餘衛烏齊葉特部等三部，居住在遼西，及大興安嶺西側的長城沿線一帶，西到宣府、北靠呼倫x貝爾草原，明初由明太祖設定後一直與明若即若離。
三部經過與蒙古部落間的聯姻及歷史變遷，朵顏部眾分為：朵顏兀良哈部、喀喇沁一部、土默特部一部，還有一些則和翁牛特部、烏齊葉特部併入察哈爾各部中了；到明朝末年，朵顏三衛名稱已消失在歷史長河裡。
林丹汗的突然西征，自己有成吉思汗般統一蒙古草原雄心，面對那面與通商口岸的隔離，加上躲避後金的軍事壓力；才打擊佔據了與明通商口岸朵顏兀良哈部、喀喇沁一部、土默特部各部，他沒想過他的軍事打擊徹底將這些部落推向後金，更加強了後金的軍事潛力。
他的這次行動，由於明朝救援及時，朵顏兀良哈部、喀喇沁、土默特部雖敗退，與原歷史相比儲存了更多勢力；躲過了林丹汗的兵鋒後，幾個部落在友好的察哈爾各小部落庇護下又回到故地附近療傷。
這些遼西部落也害怕林丹汗的再次進攻，開始尋求新的盟友；有些部落不可避免向後金求助，這也給了後金一次整合遼西的機會。
大明使者這次來遼東各蒙古部落，除了談了新的通商條件，也談了一條不通商前提是不能完全倒向後金；同時也說在後金與林丹汗攻打時，大明會給予救援；至於這些部落相信多少，也只是盡人事，看天意，誰讓自己的軍力不夠強大。
大明方面九邊的剿匪到十二月底終於結束了，各部相繼回營備戰。
這次剿匪基本掃清直隸、山西境內的各部山賊、土匪，治安環境大好，作惡人員被送入各地礦山，浮財獎勵給有功人員，糧食則分給了當地百姓。
回營總結後禁軍從山海關抽調楊國柱部再次整編成：兩個騎兵鎮，每鎮一萬人；六個步兵鎮，每鎮一萬二千人，全軍為九萬二千人。
編成後步兵全部裝備天啟六式火槍，原裝備調給各邊鎮，但火炮缺口很大，新式火炮廠還在建設，只有優先保障兩個鎮，其餘平分剩下火炮，直到一年後禁軍才慢慢淘汰老式火炮。（詳細編制看備註）
禁軍主官：梁世勳為總督、朱由檢為榮譽總督；盧象升、孫應元為提督；李邦國為總督查；
步兵各鎮總兵：一鎮盧象升、二鎮孫祖壽、三鎮曹文昭、四鎮馬世龍、五鎮楊國柱、六鎮杜文煥。
步兵六鎮分駐：城外豐臺、東小口、五裡橋三處；城內龍潭、積水潭兩處；步兵六鎮平時駐城外，執勤住城內；每年在小湯山演練場會操。
騎一鎮總兵：孫應元、騎二鎮總兵：周遇吉；駐地海淀。
禁軍護衛京師，以青龍為守護神；兩青龍呈太極、中為金日，藍白波紋半環繞為徽章，寓意守護京師安危；服裝以絳紅色為制服顏色，配雙龍戲珠，藍白波紋裝飾，人稱“紅裳軍”或“雙龍軍”。
禁軍軍旗為“雙龍戲珠”，國旗稍作改動：藍色星星行圖案中，兩青龍呈太極，中為金日，硃紅為底；鎮軍旗：軍旗左側
白底隸書寫明各鎮番號。
九邊三大總督區也開始整編，編制與禁軍不同，採用現裝備按前軍制整編，待火槍產量上來後，再進行裝備整編。
薊遼總督區：原二十一萬編制，實際額度十三萬，招三萬兵，新編出十五萬；其中步軍八萬，車營兩萬，騎兵三萬；遼東鎮九萬、薊鎮三萬、山海鎮三萬（東江鎮沒接受整編）。
宣大總督區：二十一萬編制，實際額度十一萬，先後補充進五萬屯田兵，整編成十五萬；其中步軍十萬，車營兩萬，騎兵三萬；宣府鎮五萬、大同鎮三萬、昌平鎮兩萬五千、太原鎮兩萬、保定鎮（真保）兩萬五千。
三邊總督區：原十七萬編制，實際額度八萬，招了五萬，整編成十四萬；其中步軍八萬，車營兩萬，騎兵四萬，榆林鎮四萬、寧夏鎮三萬、固原鎮兩萬、甘肅鎮三萬、西安鎮兩萬
三大總督區，薊遼與宣大在天啟七年地就逐步完成了，三邊總督區因地域大、災情重直到崇禎一年四月才完成整編。
整軍特點：整頓客軍、家丁，統一軍餉、統一供給；開荒土改，開墾荒地、衛所改革；整合部落，打散民眾，精壯入伍；嚴懲變亂，重罪砍頭、輕罪勞教；整編餘下兵全部改編成輜重營修路去了。
九邊共整出四十四萬大軍，三十四萬是軍餉減半的皇莊田兵，十萬募兵。
軍費目前都是由內庫出，由當地皇家商號代發軍餉和處理軍需，銀作監依據上報名冊核對下撥餉銀，由都知監及東廠監管；兩年後才逐步轉交給軍方的後勤機構和監管機構，為此軍方還從商號和內宮抽調了些人進行培訓。
為發軍餉，商號總掌櫃齊贊元想出個辦法：花名冊四份，一份存檔、一份報內宮；商號拿的是代號加體徵，軍營拿是代號加名字。發軍餉時商號和軍營各拿名單，軍官念姓名、士兵報編號、商號對特徵無誤，士兵畫押拿錢到邊上掛牆上的朱由檢彩色半身畫像前行軍禮。
齊贊元這個法子讓朱由檢大為讚賞，還想到畫像的另外一個作用。
不久朝廷和內宮印綬監所屬印刷坊就接到超級大單，數百萬份大小不一皇帝彩色半身畫像；印刷坊接到訂單，對著皇帝畫像雕版後；先印刷白描像，再讓畫工上色，陰乾出貨。
先是軍隊、衙門、各商號，慢慢勳貴、大臣，再到尋常百姓家裡，都掛上了朱由檢的彩色半身像。
一個組織隨著畫像的推廣也慢慢浮出水面——忠君社；最先殿前直軍、禁軍、廠衛，後到講武學堂、太學和科學院，慢慢各地的忠君社被組織了起來。
軍餉和軍需繞過戶部和兵部，讓內閣和六部極為不滿；找皇帝要全權，朱由檢說：把前面內庫墊資的三百五十萬還回來就可以，如果戶部沒錢，還是想著怎麼提高稅收；不許亂搞攤派，不許加農稅；其結果不言而喻，文臣們沒轍。
但這樣做使銀做監、八局和皇家商會增加不少人手，於是很多兵部和戶部的比較清廉的官員跳槽了，地方上很多精通錢糧吏員的跳槽了。
朱由檢自己挖自己牆角行為，惹得一些人在思考，更多人
反對，這些人想不出招數，卻想要皇帝交出內庫管理權這種昏招；這些人立馬會被客氣請回老家，如自己屁股不乾淨就更麻煩了，更有些人在一邊竊喜，相互串聯……。
讓江南士族苦惱的事也多了，先是各地來的商品，讓市場上的衣服、鞋帽、布匹的價格下降了；皇家在江南的三個織造局有開工的意向，織造局匠戶所被整改一新，匠戶欠薪也補了；也有些信心人發現江南的桑田價格波動很大，不少桑田已易主。
南京的孝陵衛指揮使李三才被魏忠賢請走了；原登萊總兵張可大京從北京禁軍帶了五百人與又從湖南、湖北各皇莊調來六千人，組建了殿前直軍孝陵衛，負責孝陵和南京皇宮安全。
一時南京瘋傳皇帝將整治南直隸了，可皇帝並沒動，只是一些價格離譜稀奇物件開始在南京出現，那些勳貴和士族子弟確毫不猶豫的就買下了，相互攀比著。
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一切又恢復了原樣，但一些議論在江南士族間傳開了，就是當今皇帝昏庸無能、重用奸邪，大明亡國之相已現；可就是奇怪沒見廠衛有所行動，有些士族欣喜若狂，開始四處串連……。
可更奇怪的是，新招安的靖海伯鄭之龍給錢家五千兩銀子賠罪後，將他的兒子鄭一官送到北京讀皇家講武學院去了。
備註：
1、按班、排、連、營、團、旅、鎮為軍制，軍職對應：班長、排長、連長、營長、團長、旅長、總兵；軍銜分：兵士、軍士、校尉、都尉、將軍；均按三級分，按軍銜定軍餉。
連為基本單位：軍士10人為班、3班為排，共5排，軍士150人；10排長、2軍士長、3鼓手、4軍官（一正兩副一軍法官）合計：169人。
營：6連加6名軍官（1正1副1軍法，3贊畫）合計：1020人；
團：2營、虎蹲炮連，團部10人（含警衛5人）合計2100；
旅：2團、1個直屬排、2個炮連、旅部30人（含警衛班）合計4500人；
鎮：2旅、1個直屬營、10個炮連、鎮部360人（含警衛連、醫院及後勤連等）合計12000人
炮兵基本單位是炮兵連：分3個炮排、每排2門，共6門炮；每炮10人，共60人；軍官6人；輔助54人，共120人。
虎蹲炮連：6門虎蹲炮，每門6人，4軍官，共40人；
旅附屬：2個弗朗機炮連；
鎮附屬：4個弗朗機炮連，4個8磅拿破崙炮連，2個12磅拿破崙炮連；
一鎮共有：48門虎蹲炮、36門弗朗機炮、24門8磅炮、12門12磅炮，共120門大小火炮。
2、步兵連編制參照拿破崙時期法軍編制；炮兵編制參照美南北戰爭時期兩軍編制。
3、參考文獻《皇帝的刺刀》、《線式戰術時代的戰爭藝術》；朵顏三衛歷史借鑑蒙古部落網站文章。