崇禎六年二月初二,李雲崖和朱由檢在新建成的太和宮裡面召開大朝會。
因李雲崖讓朱由檢放權，皇帝只管軍隊、外交和監督,平時在北海辦公,其餘各部會歸內閣管轄,主要在南海辦公，每年只在年初、年中、年末三次,各部會全部聚集到中海，在這座九層高的太和宮裡面開大朝會。
太和宮是專門用來開會的地方，最頂層的會議室能夠同時容納三百人，李雲崖首先上主席臺,做重要發言，用了十分鐘講完，然後請朱由檢上臺講話。
這幾天兩人都在昭和宮裡面研究,在李雲崖的幫助下，朱由檢寫了整整二十七頁的紙，都是密密麻麻的鋼筆字而非毛筆字,他坐上主席臺之後，說的第一件事是設立南京軍區和廣州軍區,目前大明朝已有兩個戰區和一個軍區,即東北戰區、西北戰區和北京軍區。
去年在小年的時候，召開了總結朝會，朱由檢親自頒發一枚勳章給盧象升。
孫承宗對於遼東的策略是步步為營反客為主，野戰打不過滿清不停地築城，把防禦塔修到敵人家門口，孫承宗調回中央之後，盧象升在初步改編完遼東軍之後，繼續築城，跟原來的歷史上不同的是，此時明軍戰鬥力強大，清軍卻因為崇禎二年那場戰爭元氣大傷，盧象升打起仗來有板有眼，穩重又不失銳氣，在朱由檢改革稅制以後，拿到了充足的銀子，築起城來更起勁了。
去年七月的時候，他派祖大壽到大凌河畔築城，這裡距離滿清首都的瀋陽直線距離也才三百多裡，騎兵快馬奔襲，一日夜能殺到，再往前走要修到瀋陽了！而且此城在錦州以東，要打錦州必先打此城，要打此城必先打錦州，互成掎角之勢，皇太極自然不能坐視不理，調集大量滿蒙八旗殺過來，將祖大壽困住。
盧象升早料到此城一修，皇太極會出兵來打，提前給祖大壽調了一百門野戰炮和兩百架迫擊炮，以及充足的彈藥，讓他死守，自己親自率領三萬新組建的陷陣營出錦州城和祖大壽配合，跟皇太極鏖戰，這兩年皇太極也造出了火|槍，還造了大炮，不過都還停留在火繩階段，大炮也是用火藥發射實心鐵球的那種，由於冶金技術不行，又極為笨重，但總算能固守陣地。
雙方乒乒乓乓打了大半天，忽然皇太極得到急報，曹變蛟率領兩萬貪狼騎已經繞道直取瀋陽，半路上接戰十六股清軍，全部都是一舉擊潰，皇太極大吃一驚，急忙以步兵斷後，騎兵先行回防，且戰且退，盧象升率兵隨後掩殺，大獲全勝。
朱由檢以此戰功，授盧象升為上校軍銜，曹變蛟為少校，李雲崖設計的這套軍銜系統，只授予給軍校出身的人，李雲崖訂下的規矩，凡是軍校出身的人不受外面的人指揮，盧象升改編遼東軍之後，不少將官都到北京軍校受訓，最少一年，分批分期過來，像祖大壽、吳襄等都沒有受訓過，指揮得還是比較老的軍隊，關寧鐵騎被盧象升拆分，他們剩下的都是淘汰下來的，朱由檢給這些人封賞，則按照原來那一套守備、遊擊、總兵。
兩套軍制並行，但明眼人誰都看得出來，新軍體制才更佔主流，於是越來越多的將官都主動申請到北京接受訓練。
為了徹底解決地方軍閥指揮不靈的問題，去年朝會上，朱由檢給吳襄封了破虜將軍，調回北京歸家養老，他兒子吳三桂已經是一個司令了，不能再讓他在另外一支軍隊裡掌握軍權，明朝的將軍還是很值錢的，給他一個將軍銜，讓他光榮退休，按照少將的待遇給退休金，也算對得起他大半輩子戍守遼東為國打拼了，當然，他過去貪汙搜刮的土地全被被收歸國有，錢財地產捐出來三分之二，剩下的也夠他瀟瀟灑灑活完一生了。
朱由檢是個很聰明的人，也很會玩帝王之術，這些事情都是他自己做出的規劃，強制吳襄歸家之後，再把祖大壽調往山西，到孫傳庭帳下聽令，整個遼東軍徹底被掌握在政府手裡，盧象升共整編了十個師團，約十二萬人，其中兩萬貪狼騎兵，三萬陷陣營，五萬常規兵，跟滿清野戰已經不再落於下風，現在只是雙方誰也滅不了誰，那麼對峙著，盧象升每隔一段時間築一座城，經過去年那一場大敗，皇太極已經在研究遷都了，琢磨著要不要把都城遷到長春去。
西北戰區孫傳庭那裡也搞得有聲有色，高迎祥敗回山西之後，留下了幾十萬的流民，被李雲崖帶回北京有二十多萬，地消化二十多萬，孫傳庭從中挑選青壯，整編了六個師團，約九萬人，其中一萬破軍營，兩萬虎步營，都由孫傳庭直接率領，另有五萬常規軍，除了駐紮在黃河潼關一線，還有北邊的宣府大同一代，要防著蒙古。
北京軍區的七殺衛也重新擴增到三萬，由吳三桂率領，北方地區已經萬無一失，李雲崖未雨綢繆，建議防備東南，於是新成立南京軍區，由滿桂任總司令，統領兩萬陸軍，一萬水兵，勢力沿長江一帶，坐鎮江浙湖廣。另設立廣州軍區，由曹變蛟任總司令，統兵五萬，其中三萬是海軍，為將來攻略東南亞做準備。
朱由檢給國防部規定了一個新的任務：“各軍區成立起來以後，要開始剿匪，凡流寇、山匪、水賊等，一律剿滅，五年之後，各軍區境內不得再有二十人以上的匪患！”至於二人以下的，由李雲崖敦促公安部追剿，只有治安好了，工商業才能發達，工商業流通起來，國家才能富強。
國防部之後是外交部，朱由檢告訴外交部的官員：“給朝鮮、日本、琉球、呂宋、爪哇、真臘、緬甸等二十六國傳信，讓他們於崇禎八年端午之前派使節進京朝貢，不然將來六師移之！”
然後是監察部，朱由檢接受了李雲崖的意見，任命了十二個巡按欽差，分別來自不同派系，不同階層，各領一組人馬，賜尚方寶劍，到各地方徹查那些巡撫、知府、布政使等官員，中央已經整理的差不多了，下一步開始整治地方，朱由檢要下重手，徹底給那些治國無方，擾民有術，陰奉陽違的官員們點顏色看看！
朱由檢事先做了充足的準備，把三個部門的構架體系，行為規則，人事任命全都捋得清清楚楚，說完之後又簡單地詢問了三位部長的意見，然後進行分組討論，其中有需要其他部會配合的，譬如巡視組要公安部和法務部配合，國防部要民政部配合等，這個時候可以提出來，李雲崖跟朱由檢兩個大領導牽頭，共同研究解決。
單這些事忙活了一天，晚上各部會首長住在太和宮的客房裡面，太和宮共有九層，開會的地點在最頂層，下面五層都是客房，三樓四樓是各種規格的會議室，二樓是餐廳。
李雲崖跟朱由檢同進同出，李雲崖勸朱由檢儘量不要搞特殊化，朱由檢從善如流，他也認為現在有功名的士人都不肯出仕，自己更應該做出一副仁君親賢的樣子，於是一個伺候的人都不帶，經過李雲崖幾年時間的潛移默化，他已經完全能夠自己處理日常生活了。
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兩人跟著各部官員一起到二樓吃飯，半路遇到徐光啟，帶著宋應星、孫元化、徐霞客等幾個院士，一群人連忙見禮，朱由檢說：“徐院長年紀大了，應該讓人把晚膳送上來，不然的話這樣來回爬樓，實在是太累人了。”
徐光啟連忙躬身謝恩，李雲崖把他拽住：“徐院長年紀才不大，今年七十一歲吧？七十二了？才七十二歲！你看人家孫部長，比你小一歲，那身子骨，一口氣上九樓，不費勁。”
徐光啟苦笑：“孫大人常年領兵，鐵骨錚錚，非我這文弱書生可比。”
“人啊，得多運動才行，這個太和宮，每天爬三次，保你能活九十九，吃完飯爬樓還能助於消食。”李雲崖又轉向宋應星，“宋院士，上次說的那個大型蒸汽機什麼時候能做出來？”
“不容易啊。”宋應星滿臉慚愧，“火車用的還好，您要放在船上，能夠帶動螺旋槳推著四五百料的大船，還是身裝鐵甲的戰船在海里跑，那個需要的力道實在太大了，我們去年做出來試驗了一把，十二個蒸汽鍋爐同時工作，那船跑得比人走的還慢。”
“沒關係，只要有進展行，火車頭還要繼續改造，我們未來還要建很多的鐵路，除了正在建的通山西和遼東的兩條，今年還要建通鄭州的京鄭鐵路，通南直隸的兩京鐵路，如果合適還要繼續往南修，一直修到廣州，照著這個目標往前努力，哪怕搞一百年也要搞出來，火車的動力和速度都要提上來，還有安全性，現在只是用來拉貨，以後要做拉人的客車，你們任重道遠。”
朱由檢對於火車和輪船都很感興趣：“等修成了是不是可以從北京直接坐車到嶺南了？”
李雲崖點頭：“是，但是速度會很慢，得跑個兩天兩夜吧，吃住睡覺都在火車上，嗯，到時候咱倆弄個專列，弄個豪華車廂，一起去廣州吃荔枝。”
朱由檢說：“荔枝也還罷了，我是想看看那弗朗基跟荷蘭的紅毛鬼是什麼樣子，也見識見識真正的西洋諸國風俗人情。”