隨著水師在汪洋上逞威，陸師也並沒有閒著，在柯平的大力建議下，鄭克臧對東寧西側平原處的番社採取了強硬的軍事行動。
這場軍事行動起源於澎湖海戰期間發生的一起番社叛亂事件。
叛亂的番社是生活在紅頭嶼的達悟社，不得不說達悟社選取的作亂時機十分精準。
但這並非是有意為之，在紅頭嶼上閉塞生活數百年的達悟番社並不關注外間情勢的變換，這次叛亂的時機更多是時間上的巧合。
第一次從濟州島劫掠來馬匹之後，鄭克臧命人從瓊州黎民內召集了許多養馬人，準備修建養馬場。
根據戶部的一番實地勘察，最後選定了東寧本島東南方向九十裡外的紅頭嶼作為養馬場地。
紅頭嶼上遍佈著綠茵，地形起伏和緩，生態氣候與濟州島養馬地極為類似，經戶部判斷乃是東寧境內最適合養馬的地方。
先期到達的明鄭官員與聚居在島嶼東側的達悟社番眾達成了一致，明鄭免費提供了很多物資給達悟社，換取了對方同意明鄭在島嶼西側開闢馬場。
本來事情進行的很順利，馬場很快搭建了起來。
但隨著甘孟煜第二次、第三次劫掠濟州島時又帶回了大量馬匹，原本僅佔島嶼西側的養馬場瞬間就變得擁擠起來。
瓊州招募的養馬黎人上奏朝廷稱：若不擴大草場範圍，只怕兩三年後此地綠茵將被啃食殆盡。
戶部接到奏報後，嚴令駐守在紅頭嶼的戶部官員在保證妥善安置馬匹的前提下，積極與達悟社協商，謀求擴大養馬場。
駐地的戶部官員又申請了一批物資與達悟社交涉，對方同意再劃撥出一片地方供馬場擴建，但遠遠無法滿足龐大的馬群所需，只是杯水車薪。
無奈之下駐地官員擅自擴大了馬場範圍，達悟社一開始見只是多出一點地方也沒在意。
戶部官員見達悟社放任不管，繼續不斷擴大馬場規模，最終侵佔了達悟族的傳統領土。
達悟社得到訊息後，氣勢洶洶來找明鄭的官員理論，在拆除越界馬場的要求被戶部官員拒絕後，他們悻悻而回。
第二日晚間達悟社頭人莫蘭達利組織了數百生番戰士突襲了養馬場。
在紅頭嶼駐守的十幾個戶部官員不防之下被盡數斬殺，當時正值澎湖海戰剛剛結束，陸師大都還在澎湖未撤回，島嶼上駐軍兵力緊張。
僅有兩個隊的明鄭駐軍突遭襲擊並未慌亂，帶隊的軍官冷靜地組織突圍，最後駐軍保護著招募來的瓊州養馬人們突圍退守到在山坡高處的營寨，藉助地利和防禦工事艱難抵擋住了達悟族的進攻。
等紅頭嶼番社叛亂的訊息傳到承天府時，剛剛舉行完獻俘儀式。
陳繩武聞報後大怒，在請示了鄭克臧後，立馬命令內文社附近的屯墾駐軍乘船前去紅頭嶼救援。
等明軍一個協的援軍抵達後，在火銃的齊射下，達悟社番眾被擊潰，丟下了百來具屍體，逃回樹林之中。
救援部隊救下了及及可危的營寨，但此時馬場已遭到嚴重破壞，達悟社生番搶走了好多馬匹。
帶兵支援的參領王正福急了眼，不顧天色昏黑和手下勸阻，輕敵冒進，銜尾追殺達悟番至島內樹林。
但地形不熟加上叢林作戰，王正福部中了達悟族的埋伏，苦戰不敵被擊潰。
等逃出樹林後，王正福收攏殘兵，發現只剩下了二百多人，近半個協的士兵被永遠留在了樹林之中。
鄭克臧知道此事後震怒，再次下令調集大軍登島進攻，最終將達悟番社盡數剿滅，奪回了戰馬，將紅頭嶼徹底變為了明鄭的養馬場。
鄭克臧本想借此事警告島內諸番社，故而並未封鎖消息，反而將此訊息透露給了各地屯墾點交界處的平埔番社。
沒想到這事激起了這些番社兔死狐悲的情緒，引發了對方的過激反應。
島內瞬間不再安寧，島嶼北側的屯墾點屢屢受到生番襲擊，雖然大多數襲擊被駐軍擊退。
但還是有幾次突襲讓生番得手，造成了移民的傷亡，一時間開墾的移民們人心惶惶，嚴重阻礙了開墾程序。
在柯平的一力建議下，鄭克臧同意了對島嶼西側平原的平鋪生番開展征伐。
他特意從瓊州將擅長叢林作戰的黎忠鎮調來東寧，配合陸師大軍征討生番。
隨著從雞籠和天興州出發的陸師大軍一南一北兩面夾擊，邊界各番社遭遇了沉重打擊，紛紛向更深處的大肚番國逃去。
大肚番王得到東寧大舉進軍的訊息後，立馬召集土番軍隊分赴南北抵抗。
北邊的大軍由番王的叔父親自率領以抵禦北軍都督何右率領的北軍，雙方在如今的新竹縣南部展開了決戰。
這位番王王叔還是懂一點兵法的，一輪交戰下，他帶領手下番兵羊敗撤退，生番部隊迷信叢林作戰，對方邊戰邊退希望將明鄭軍隊引入樹林中包圍剿滅。
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但何右並未如敵所願，他直接下令手下士卒放火燒林，引起了大範圍的林火，面對熊熊烈火，撤退變成了潰逃，無數生番在大火中被燒死，番王王叔率領剩下的殘部驚慌失措地退回了番國腹地。
大火持續了數日，最後將這一片的樹林全部燒完後才逐漸熄滅。
鄭克臧知道這事後心疼壞了，這可都是木材啊，如今全被當成了柴火，但這事你也不能怪何右，他特意下令前線各軍嚴禁放火燒林，並私信何右不許再犯。
如果說鄭克臧是心疼的話，大肚番王就是驚慌了，他沒想到何右居然這麼狠毒，一言不合就放火燒林。
番王並不知道鄭克臧已下令嚴禁放火，北部戰事的失敗讓他吸取了教訓，他命令南部的番軍繞開樹林，擇機在平地與明鄭軍隊作戰。
在平地與裝備精良的明鄭軍隊作戰，番軍除了敗退還是敗退，一直被明鄭軍隊追趕至番國腹地後，番王才回過神來。
但此時南北兩部明軍已成功會師，大肚番國內的許多番社紛紛投降，只剩下番王仍帶領著十幾個死忠的番社仍在頑抗，但難改大局。
堅持頑抗近一個月後，大肚番王被手下合謀殺死，殘部投降了東寧。
此役徹底除名番社三十一個，七十五個番社只剩老幼，完整投降的番社有六十八個，明鄭軍隊傷亡戰士總計一千七百餘人。
至此西側平原的平埔番社被盡數拔除，雞籠至承天府的陸路通道由此打通。
而讓鄭克臧意外的是，在大肚番國內發現已有開墾好的良田近三萬畝，鄭克臧安排最先投降的番社挨個登記戶籍，造印田冊，繼續耕種此處土地。
其餘戰俘則盡皆貶為番奴，開始了他們的第一份工作，修築承天府至雞籠的官道。