搶佔了八罩島的施琅命麾下士卒們輪番上岸休整，大軍休整一夜後，六月十六日早間，施琅派遣兵船數十艘前往澎湖本島打探明軍佈防。
江勝在得到八罩島失守的訊息後，果斷將駐守西側島嶼的軍隊召回澎湖本島，加強防守。
他令沉誠暫統澎湖本島陸路部隊沿海岸嚴加防守。
他自己則調集林升、吳潛、秦海生、王隆、陳君明等水師眾將，率領麾下水師分散鎮守娘媽宮前口子並內外塹、東西峙等要口，邱輝率領蓋倫船埋伏在外海，憑藉速度優勢伺機而動。
諸多將領建議江勝道：“此間夏季多颶風，我等據火炮之利，當固守待敵，或許天不假清，大風滅之也未可知。”
江勝對此一說嗤之以鼻，但他確實想利用岸炮之利，吸引施琅來攻。
但在八罩島領教過厲害的施琅見澎湖本島防守嚴密，自然不會傻乎乎送上門去。
為將江勝引出來，他做出了一個大膽的決定，在六月十八日清晨，他率領水軍大舉駛出八罩島，直奔向東寧本島而去。
施琅這一招孤注一擲，攻敵所必救果然奏效。
接到訊息的江勝大驚，再顧不上固守待敵，無奈放棄了岸炮和陸師的優勢，點齊戰船，水師傾巢而出，準備在海上攔截施琅。
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得知江勝水師離島，施琅故意放慢速度，以逸待勞，雙方最終在將軍澳東側相遇。
不需多言，雙方在發現彼此的瞬間，紛紛排列成陣，江勝並未忙於攻擊，他親上旗艦船桅頂端，拿出千里鏡觀察福建水師陣勢。
施琅不愧是水戰宿將，其戰船排列，深諳水戰之道，毫無破綻。
而施琅在觀察完江勝的列陣後，也發出了同樣的感慨。
此時洋流向南，正利明軍，江勝果斷下令水師全軍進擊。
前鋒王隆親率大鳥船六艘，趕繒船二十許率先衝向敵陣，其餘船隻列好陣勢跟在其後緩緩靠近。
藍明報兄仇心切，擔任先鋒率船迎戰，阻止王隆衝擊本陣。
雙方隔著寬廣的海面，炮火隆隆，王隆不避炮彈，全力驅使麾下船隻衝前。
藍明率領手下船隻憑藉高超的駕駛技巧與敵周旋，雙方近距離炮火不斷，不斷有船隻被炮彈擊中，響起沉悶的鼕鼕之聲。
跟在王隆身後的明軍水師大舉壓上，施琅適時傳令召回藍明，福建水師戰船緩緩後退，隔著距離與敵進行炮戰。
此舉正是江勝所希望看到的，眼見施琅採取運動炮擊的戰法，江勝果斷下令邱輝從右翼率領蓋倫船衝出。
當五艘蓋倫船出現在明軍水師右翼時，施琅面色大變，居然有五艘，他趕緊命令左翼朱天貴部加快速度向本陣靠攏。
但蓋倫船的速度太快了，快的連身後友軍大鳥船也跟不上趟，朱天貴剛剛按照命令調整好風帆方向，萬勝號已率先靠近。
數十門炮依次開火，隨即趕來的四艘蓋倫船也調整好角度爭先下達開炮的命令，密集連綿的火炮聲響起，一時間兩軍本陣之間的交火聲都被掩蓋。
而朱天貴所部在這一輪炮擊下損失慘重，大鳥船被擊毀四艘，其餘趕繒船無算，他大驚失色驚恐地看著不遠處的蓋倫船。
待硝煙散去，他看清了為首萬勝號上打的是邱輝的旗幟，他連忙站在坐船尾樓上高呼道：“可是親家公當面，是我朱天貴啊。”
邱輝自然知道這是朱天貴的座船，風帆上的大字早已表明了指揮官的身份，他面色冷澹催促手下裝填炮彈。
朱天貴猶在大喝：“親家莫要開炮，我願降！”
“開炮！”
轟隆聲再起，朱天貴被當場炸成重傷眼看著活不成了，失去指揮的左翼清軍水師霎時間大亂，此時明軍的大鳥船也已趕到。
但左翼清軍並未投降，仍苦苦咬牙支撐，繼續與邱輝纏鬥，一邊逃離一邊開炮還擊。
邱輝帶船銜尾追殺，蓋倫船速度佔優，不斷有清軍戰船被追上，一輪炮擊被轟成殘木。
施琅見到左翼的慘狀，面如寒霜，不理會手下將領請求支援左翼的命令，他全心全意地率領本陣水師與江勝糾纏。
正在此時，西南風再起，看見風信旗飄揚而起，施琅面色一振，呵斥手下將領道：
“賊軍不過五艘西夷大船而已，或可區域性爭勝，但難定大局，速令全軍升帆，乘風隨本督突擊江賊本陣！”
在施琅的命令下，福建水師暫停後撤，升起風帆迎著追擊的江勝本陣衝來，邱輝見狀立馬放棄追殺，轉向增援。
大風卷吹，風帆鼓動，福建水師冒著炮火以極快的速度衝抵江勝本陣，接舷近戰開始。
藍明帶領眾清軍率先跳入明軍一艘大鳥船上，迎接他們的是一排火銃之聲，衝在頭排的清軍大半中彈身亡。
藍明僥倖未死，通紅的雙眼死死地盯著明軍，大喝一聲舉刀衝殺，明軍也紛紛拔刀相擊，船艙中鮮血飛濺，刀光四起。
隨著又一艘清軍船隻架上這艘大鳥船，跳幫而來的清軍越來越多，渾身浴血的水師參領曾田剛眼見抵擋不住，抬頭大聲地衝桅杆上的旗手喊道：“打旗！讓周圍的船衝老子開炮！快！”
旗手默默地點頭，含淚打出旗語。
片刻功夫後不遠處一陣炮聲響起，藍明的腦袋被飛來的炮彈削掉，噴出一蓬血霧。
隨著炮聲停歇船上一片斷肢殘臂，到處都是哀嚎的傷員，曾田剛無聲地咧嘴大笑，隨著大鳥船緩緩沉沒。
施琅不畏炮火，催促座下旗艦親自衝入敵陣。
迎面正好是林升的座艦，他見施琅旗艦衝來，連忙催促靠了上去，想要跳幫接戰，卻被施琅旗艦靈巧的閃避開。
兩船相錯的瞬間同時開炮，木屑飛濺，船隻顛顫。
林升一眼看見了對面船上踉蹌的施琅，他大喝命令身邊兩個親兵向施琅開槍。
兩個親兵反應極快，端起東寧銃，瞄準施琅，砰砰開了兩槍。
一槍正中施琅身邊親兵，一槍擦過施琅臉頰，瞬間鮮血如注。
兩船很快拉開了距離，林升對身邊兩個親兵怒喝，“廢物！”，連忙駕船再追。
施琅滿臉鮮血的樣子十分可怕，身邊的親兵大驚失色，連忙將其扶回船艙，同時命令旗艦準備後撤。
但此時越來越多的明軍船隻往此處靠來，也有越來越多的清軍船隻前來增援。
一時間施琅旗艦後退不得，雙方圍繞在這周圍不斷廝殺。
邱輝遊弋在戰場邊緣，看準機會帶領五艘蓋倫船快速衝入戰場，精準而迅捷地一輪炮擊，擊毀數艘清艦後，再迅速地脫離戰場，充分發揮了速度快的優勢。
隨著時間的推移，戰況對清軍越來越不利，不斷有福建水師將領打旗語請示施琅撤退。
皆被施琅拒絕，旗艦不斷打出旗語命令各部奮勇前衝，不許後退半步。
這場海戰從午時一直打到黑夜，海面上到處都是燃燒的木板和漂浮的屍體。
隨著夜色降臨，雙方默契地互相脫離了戰場。
戰後福建水師僅剩大小戰船六十七艘，士卒七千餘人，而明軍仍剩餘大小戰船一百一十九艘，五艘蓋倫船俱存，剩餘水師將士一萬三千餘。
此戰大勝！