楊賓的東路軍混成編隊沿東海岸線一路磕磕絆絆南下，而另一邊的李南部隊倒相當的順利，沿鐵路之兵站南下，一路經新竹，過苗栗，抵臺中，幾乎都沒有遇到阻礙，因為沿途的義軍與駐地清軍聽是紅標軍前來應戰，無不歡呼雀躍，紛紛給予行軍便利和支援，比起楊賓在花蓮遇到當地高山族土著各種名目的阻礙，倒是順利得多。
因為大家都有目共睹紅標軍在臺北，在滬尾，在金包裡對日取得的輝煌戰績，而臺南的黑旗軍在日軍面前完全是一敗塗地，其他的義軍和清軍更是不堪一擊。
要不是日軍受後勤補給所困，打下雲林之後，便暫時停止攻擊，給了清軍們一個喘息之機，否則讓乃木希典一路打過來，別南投、彰化，就是臺中也可能已經失陷了。
原來駐守臺中的是道員林朝棟，他在中法戰爭中表現極為優異，統領著當時全臺最具戰鬥力的部隊之一——棟軍，肩負著臺中的治安與防務，但由於在臺灣民主國成立之後受到唐景崧的刻意排擠與打壓，後來滬尾淪陷之後，敗兵湧入臺北城內燒殺搶掠，再加上唐景崧連夜逃離臺北，乘洋輪內渡回大陸，也讓他心灰意冷，感到大勢已去，在將妻兒老送回大陸，他將所部的銀餉支付完後，自己也選擇了內渡，但是他旗下的棟軍十營卻仍未解散，而是留在了臺中，追隨吳湯興投入抗日戰爭之中。
當時臺北、滬尾大捷之後，姜紹祖、徐驤與吳湯興等義軍首領趕往臺北，投效紅標軍，並接受改編，因此鬱笑城將他們列入紅標軍七團、八團、九團的序列之中，分別駐紮在桃園、新竹和彰化，而林朝棟離開臺中之後，臺中的棟軍便被黑旗軍的吳彭年接管，而他的黑旗軍主要是駐守在臺中以南的南投縣城，他對紅標軍的態度也深受劉永福影響，敵意大於好感，日軍攻克嘉義，打到雲林之後，他便率領黑旗軍離開南投，匯合彰化的吳湯興一起迎擊來犯的乃木希典的第二師團。
李南趕到南投時，南投僅留下少許的黑旗軍駐守，而且對趕來的紅標軍態度極為的傲慢生硬，甚至連糧草也不準備接濟供應，要不是李南曾經在苗栗剛剛補充過糧草，恐怕三軍將士連晚餐都沒有著落。
由於李南趕到南投時，天已暗了下來，大軍無法再南下行軍，因此乾脆便在南投過夜，不過南投駐守的黑旗軍不讓他們進城，因此大軍只得在城外駐紮，這也讓紅標軍怨氣沖天，畢竟大家都為了抗日而來，朝不保夕，沿途受盡歡迎，只有在臺中這兒受到如此冷淡待遇，令所有紅標軍上下官兵都感到極為的憤怒，要不是李南極力壓制，恐怕已經和城內的黑旗軍先幹了起來。
雖然紅標軍連夜在南投駐紮下來，但是聽聞雲林前線戰況激烈，李南還是按捺不住，決定親自派偵騎前往雲林察看動靜，因此當大軍剛一駐下，他便將軍中事務交給炮兵一營的營長蕭奈暫管。
由於蕭奈曾經在美國西軍事學校留過學，並且在臺北之役中表現極為突出，戰功顯著，指揮與作戰能力十分卓越，也因此受到了李南的信任。
蕭奈等李南離開之後，便開始帶著自己炮兵營的人直接趕到南投城下，騙開守城門的黑旗軍，讓其開啟城門，然後便直接率著部眾衝進去，但凡是阻擋他們的人，完全毫無顧忌，全部用亂棍打倒在地，一時之間，城門口被打得頭破血流，滿地哀嚎的黑旗軍居然有二十多人。
“草，老子千里迢迢來打東洋鬼，你們他媽的還不給開城門，讓我們兄弟們在城外風餐露宿，你們他媽的也做得出來，今天不是看在大家都是為了抗日，老子就廢了你們！”蕭奈可不客氣，一腳踩在地上的一名黑旗軍頭目的臉上，惡狠狠道，“老子姓蕭名奈，**的最好記住老子這張臉，有種就他媽的找你們頭領告狀，最好告到劉永福那兒去，不過我告訴你，他已經乘洋輪逃回大陸，**的想向他告狀，自己得遊過海峽去！”
“你胡，**的胡，我們大帥絕無可能內渡大陸，你們紅標軍了不起啊？就會仗勢欺人，參軍大人的沒錯，你們紅標軍就是惡狼，貪得無厭的惡狼……”那被踩在腳下的黑旗軍頭目氣得渾身發抖，可是他沒把話完，蕭奈便一腳將其踢昏過去。
“幹，你們黑旗軍把臺南給丟了，也他媽的好意思，自己奪不回來，還要靠我們紅標軍！”蕭奈將對方踢昏過去之後，對其他被打翻在地的黑旗軍兇狠道，“你們他媽的就是一群豬，這麼多天過去，臺南非但收復不了，還讓人打到雲林，真他媽的丟死人了，我要是你們黑旗軍，羞也羞死了，還他媽的好意思守著這破地方，刁難我們紅標軍！臺南你們收不回來，我們紅標軍替你們收回來，不過我要告訴你們，臺南收回來，就沒有你們黑旗軍狗屁事了，我們紅標軍再不濟，也絕不會做出半天之內丟失城港的事情來！”
著，他舉起右手，對周圍如狼似虎的部下們惡狠狠道：“打，全給我用力打，草，不打他們開竅，他們就不知道自己有多丟人！”
聽到命令，炮兵營的士兵立刻舉起早就準備好的大棒，雨一般朝已經趴在地上有氣無力的黑旗軍士兵頭上、背上打去，僅僅幾分鐘的時間，城門口便一片哀嚎慘叫，不是被打得頭破血流，便是直接被打昏迷過去。
蕭奈見這些黑旗軍再無反抗餘地，終於把一口惡氣給出完了，便招呼著部下們繳了他們的槍械，然後招呼城外的其他紅標軍進城紮營。
城外的紅標軍本來都已經紮下營盤來，看到城門已開，代理指揮蕭奈又招呼大家進城紮營，哪裡還管得了這許多，便一窩蜂地湧進城去，很快整個縣城的大街巷全都擠滿了紅標軍的身影，城裡的百姓見來了這麼一支服裝奇特的新式軍隊，也不由好奇地站在街道兩旁觀看，要不是紅標軍腦後還拖著黑色的大辮子，許多人還以為來了洋人的軍隊。
不過當地的百姓哪裡見過如此筆挺威武的軍隊，士兵們聽著軍官們的口令整齊有序地在城中行走，身上的槍械嘩嘩相互磨碰，騎兵“嗒嗒嗒”地步奔過街道，炮兵們推著野戰炮“喀喀喀”地輾過路面，居然沒有任何的交頭接耳，大聲喧譁，其軍紀與士氣比起駐臺清軍與黑旗軍有著雲壤之別，一下子便將城內的百姓給震憾了，許多人甚至情不自禁地開始鼓掌，有人還上前詢問可不可以加入隊伍。
蕭奈見城內的百姓參軍熱情極高，也不由欣喜萬分，他除了頭上著炮兵營長的帽子，還兼著另一獨立營長的帽子，可惜卻是光桿營長，鬱笑城曾經許諾，要他靠著自己的能力去招募出一個營的士兵來，而槍械彈藥與糧草銀餉卻要自己解決，現在他正可以藉著這個大好機會，實現招兵買馬之夢想。
果然，當他動員炮兵營所有士兵在城內張貼招兵告示時，他設在城中幾個募兵處很快便被人潮湧沒，許多人看到紅標軍威風凜凜的著裝，以及森嚴威武的氣勢，都為之折服，甚至有不少團練鄉勇直接脫下號衣，直接就來投軍。
僅僅用了半夜的時間，蕭奈便為自己的獨立營徵集到一千七百多人，將近一個團的兵力，而他也為了有別於李家財的獨立團，乾脆就宣稱自己是獨立二團，並且在南投電報局發給臺北有關軍情電報時，大言不慚地將自己這本來莫須有的獨立營直接改為獨立二團，而且還位列於其他部隊之前。
他這封電報發回臺北之後，確實也讓前指的鄭逸大吃一驚，因為撥給李南的只有第三團、四團三營、四營、第二騎兵連、第一炮兵營、近衛軍第一支隊等6支混成部隊，現在突然冒出一個獨立二團，而且還有意與李家財的獨立團區別開來，讓他莫名其妙，再發電報詢問獨立二團首長是誰時，蕭奈可就不客氣，直接將自己的大名回覆過去，並且還振振有詞辯解，首領允諾自己身兼獨立團長一職。
鄭逸沒聽過這任命，為慎重起見，只得報與鬱笑城，鬱笑城看到這獨立二團名號時，也不由啞然失笑，他當然記得自己曾經許諾過給蕭奈獨立營長的官帽，但卻沒想到這傢伙到了南投，一下子招募了將近兩千人的人馬，然後自己升了一級，給自己戴上獨立團團長的大帽子。
鬱笑城當然不喜歡這種隨便搞亂部隊編制的逾越行為，但鑑於西路軍混成編隊已經趕到前線，馬上就要投入戰鬥，急需用人之際，因此便採取折中處理方法，先是在電報中嚴厲訓斥蕭奈這種無組織無紀律行為，並不承認所謂獨立二團在紅標軍序列中的編制，但是卻也沒有把話死，如果蕭奈在此戰中能立下大功，便可考慮擴編獨立營，改編為獨立二團。
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蕭奈收到這封電報時，不由欣喜若狂，這已經算是委婉承認獨立二團的編制，他當然不會放過這個好機會，立刻著手按照紅標軍四四制建軍標準，也有模有樣地將自己剛剛招募的1700多人分成四個營，在其他部隊面前公開以獨立二團自居，這也讓不明就裡的其他部隊以為紅標軍又增添了一個序列，也一起同為慶賀。
不過令蕭奈苦惱的是這新成立的獨立二團極缺槍械彈藥，他已經把城內黑旗軍以及團練鄉勇的武裝全部繳械了，甚至連維持治安的巡防營的武裝都給繳械了，並且還砸開城內僅有一座軍火庫，將庫內的槍械彈藥全無遺漏地分配給自己這支新成立的部隊，但是就是這樣已經刮地三尺，也僅只能配備兩個步兵營的槍械，剩下的兩個營的槍械仍然沒有著落。
最後實在沒有辦法，他只能暫時先讓那兩營配備短刀長矛，好在城內這些冷兵器並不缺乏，因此這兩個營手上勉強也有了武器，只是他們也成為紅標軍中唯一的兩個沒有裝備熱兵器的步兵營。
蕭奈其實並不知道，自己這一夜擅自做主，憑著無賴的習性強行衝開南投的城門，將部隊引入城中紮營，反倒使大軍免受日軍的襲擊，極大地減輕了紅標軍無謂的傷亡。