雖說一口氣清空張居正朝中黨羽暢快非常，但是留下的爛攤子，卻不是那麼好收拾的。
內閣張居正、內閣輔臣張學顏兼任戶部尚書。
工部尚書曾省吾、兵部尚書方逢時、禮部尚書潘晟、都察院左都御史徐炌、太僕寺卿、薊遼總督吳兌、薊鎮總兵戚繼光、還有各部侍郎，歸了包堆三十多人，二品、三品大員，被清理掉一半。
現在要儘快調整好人事，讓朝廷恢復運轉。
下午朱翊鈞在乾清宮召見張四維和王國光，張居正離去，內閣首輔的位置空下來，要有人補上去，朱翊鈞還是想讓張四維接替張居正。
“今上是召：申時行、王錫爵、劉應節、楊巍進京。”
“嗯，朕的意思是讓申時行回京，任內閣次輔，王錫爵接替潘晟，任禮部尚書，劉應節接替方逢時，任兵部尚書，朕想讓你重回戶部，管好大明的錢袋子，你認為如何？”
朱翊鈞認為王國光，有些不適合做吏部尚書，他理財是一把好手，管人事沒有管理財政好。
“臣遵旨！”
“內閣再發明旨：召回因彈劾張居正而被罷黜的官員，讓他們儘快來京，朕要安撫他們。”
“臣等遵旨！”
“你們退下吧。”
朱翊鈞盤算一下，劉應節為官清正，對兵事也熟悉，萬曆四年回鄉，他老家是濰縣的，又是北方人，平衡朝局有好處。
王錫爵是朱翊鈞的老師，又和申時行是同年，南直隸蘇州府太倉州人，祖籍是太原王氏，他任禮部尚書，用來給申時行助陣，平衡張四維和王國光聯盟。
王國光改任戶部尚書，吏部朱翊鈞想讓嚴清去，這次對張居正朝中黨羽進行清理，刑部、都察院、大理寺主審，朱翊鈞可以按功行賞，升他為吏部尚書，進內閣，位置在王國光之後。
嚴清是雲南人，他屬於清流，政治勢力很薄弱，朱翊鈞升他官，就是讓他幹活，也算優待他。
海瑞任都察院左都御史，一年以後朱翊鈞也讓他進內閣，去年召他進京，去翰林院掌院，就是給他進內閣鋪路，大明有非翰林不內閣的傳統，海瑞只是舉人，進士官員有些看不起他，朱翊鈞安排他去翰林院，就是要堵住這些人的嘴。
今年春耕結束，朱翊鈞就召龐尚鵬進京，任工部尚書，工部事物暫時由工部左侍郎主持，去年龐尚鵬欽差巡撫山西，九月加工部左侍郎銜，這也是給他進京鋪路，龐尚鵬是廣東人，和江南官員接觸並不多。
刑部尚書讓楊巍接替，萬曆初年，朝內發生了江南少年王大辰闖入宮禁的事件，案件交楊巍審理。
張居正授意以刺客罪中傷大學士高拱，楊巍不從，經審理以盜竊內府財物罪判處王大辰死刑，避免了株連無辜，事後他上疏，請返故里。
楊魏也不喜張居正的為人，現在誰和張居正有仇，他就是朱翊鈞的朋友，這幾年朱翊鈞就要不停的黑張居正，拿他刷經驗。
現在內閣、六部、都察院都有了人選，今年殿試舉行完，再對六部侍郎、郎中，大、小九卿補齊，朝局也就穩定了下來。
南北官員大部都得到升遷，今年對張居正各省的黨羽不處置，等到明年朝政穩定，再對他們動手。
朱翊鈞要否定張居正的政績，消除他的政治影響力，緩和張居正罷黜的官員與朝廷的矛盾，表明賞罰公正之心，絕非使用私人。
今年朱翊鈞的政治思想，就是反張居正，把張居正的政策，當成反面例子，反張居正，成為今年的政治正確，在政治上，有迎合群臣，樹立革新人設的作用，朱翊鈞就是讓所有文臣武將戰隊，站在他這邊的留著，站在張居正這邊的，就要被他批判。
在皇極殿殺大臣的事瞞不住，陳太後派遣女官過來詢問，朱翊鈞親自前往慈慶宮安撫陳太後。
晚上去坤寧宮，讓王喜姐站隊，她要是站在李太後這邊，他就要廢掉她，立劉妃為皇后。
王喜姐選擇站在他這邊，以後和李太後斷絕來往，朱翊鈞在她身上瘋狂馳騁。
次日晚上，又去劉妃的寢宮，同樣讓她站隊，她要是站在李太後這邊，朱翊鈞就把她打入冷宮，生活待遇下降，冬天不給木炭。
劉妃性格謹厚，她祖父是開旅店的，父親還沒有冊封，她又是庶出，年齡比朱翊鈞大六歲，現在朱翊鈞說啥，她就聽啥。
既然她聽話，朱翊鈞對她就好一些，晚上在劉妃寢宮住下，答應封她父劉應節為錦衣衛僉士。
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在臨處決張居正黨羽的最後一天，刑部、都察院、大理寺主官向朱翊鈞稟報。
“張賊家人黨羽，為何判處這麼輕？”朱翊鈞把奏疏摔在桌子上。
海瑞拱手說道：“今上，張居正及黨羽意圖謀反，並非真的謀反，《大明律?刑律》《謀反大逆》可誅九族，大臣專擅選官，交結朋黨紊亂朝政，交結近侍官員，擅為更改變亂成法，臣等判張居正夷三族，父母、兄弟、妻妾三族，年十六以上，不論篤疾廢疾，皆斬！”
“張居正的長子張敬修不在此，由他護送張居正老母，及張居正棺槨回江陵老家。”朱翊鈞補充道，還是給張居正留個根吧，趕緊殺絕有些不太好。
“張學顏、曾省吾、方逢時、徐炌、吳兌、戚繼光…等三十六名官員夷一族，不限籍之同異，年十六以上，不論篤疾廢疾，皆斬！其十五以下，及母女妻妾姊妹，若子之妻妾、收歸女營，財產入官，若女許嫁已定，俱不追坐。知情故縱隱藏者，斬！”
“海先生，還有嚴先生，抄犯官沒家產，官員貪汙，中飽私囊怎麼辦，抄沒犯官家產，朕會派人去，這事你們不要管了，明日西市行刑，由你三人負責。”
“今上，抄沒犯官家產，不可派宮人去，宮人貪財，見小利，忘大義。”
朱翊鈞發現海瑞就喜歡頂撞他，他順著海瑞順著，還是要懟他，簡直就是海懟懟。
“朕派軍隊去，這總行了吧，抄沒清單交與都察院和戶部稽核。”
“臣遵旨！”
“你們退下吧。”
《明實錄》：萬曆九年是血色的，自洪武二十六年，《藍玉案》，今上掀起萬曆九年，《張居正案》。
《明實錄?萬曆九年》：正月二十二，巳時，辛巳。刑部尚書嚴清、都察院左都御史海瑞、大理寺卿，上於乾清宮召對，上曰：賊居正，謀逆罪判輕，上怒摔奏，輕也！
瑞曰：居正賊非謀逆，意圖耳，可輕判也，夷三族可，父母、兄弟、妻子三族，年十六皆可斬！
上允：可。
瑞曰：居正賊黨羽三十於人，夷一族，財充公，女眷入女營。
上曰：伐其木，宜吾兵，上欲遣宮人收其財。
瑞曰：宮人貪，不可。
上曰：遣兵收其財，造冊，戶部、都察院可查。
瑞曰：可。
二十三日：京四品以上官，至西市觀刑，上親至，百姓歡呼，民曰：聖天子，懲貪官，民喜。
賊居正，餘黨三十六人，皆斬！
民大樂！