崇禎十四年（公元1641）四月二十六日，高峻山正式接管成a都。
義軍攻破成a都後，蜀王朱至澍投井自盡。三萬守城官軍戰死二萬多，餘下五六千人投降了高峻山，可見當時激戰的場面有多慘烈。
文官戰死者：四川巡按御史劉之渤、四川按察副使張繼孟、守西道陳其赤、建昌兵備僉事劉士鬥、監紀同知方堯相、成a都縣令吳繼善、華陰縣令沈雲祚、郫縣縣令趙佳煒、教授何鍾清、長史鄭安民……
武將戰死者：川北總兵劉佳印、敘南衛世襲指揮同知魯印昌、蜀將羅大爵、山東副總兵劉鎮藩、雅州指揮阮上奇、撫標參將徐明蛟、都司僉書李之珍……
回鄉居住的、致仕歸家的官宦，士人，仕女殉難者：原任順天府治中的莊祖詔、原按察司莊祖誥、原東流知縣的乾曰貞、明經邱之坊和他的兒子庠生邱祖福、諸生王嗚、大理寺正王秉乾、原任宣化府同知王履亨、原任給事中吳宇英、原任工部主事蔡如蕙……
這些文武官員，或者陣地淪陷戰死、或者巷戰而死。
高峻山的義軍傷亡四千八，神奇的是他的崇文子弟兵無一傷亡。
撫民是第一要務，但這些都無需高峻山去操心了，因為這都已經成為制度了，而且有他的崇文弟子去執行，各級官員也是按部就班，該幹什麼幹什麼，行政方面有邵捷春去執行，該怎麼理順的，都有崇文弟子去協商，高峻山完全做個甩手掌櫃。
佔領成a都以後，有汪兆麟、嚴錫、江鼎鎮、龔完敬、陳演等五六十朝廷舊官員來投，高峻山把這些人全都送到襄陽去學習，然後再給予適當的職位。
蜀王投井自殺了，他的財產全部被沒收，整座蜀王府那可等同於一座金山銀山呀！這個蜀王府的接管任務他全權交給了他的崇文弟子，這麼值錢的一座蜀王府，交給別人他不放心。
他現在可以把魏忠賢的寶藏提上他的日程上來了，據黃雲發講，這個寶藏就在四川的某個深山寶寺，他準備發動人四處去找找，魏忠賢的寶藏那可是不小的一筆收入，高峻山開發科技正是用錢的時候，他可不會錯過的。
有了計劃就要向四川全境發兵，他派白文選的西路軍第一旅攻打保寧府；馬元利的西路軍第二旅攻打龍安府；張化龍、王尚禮、王自奇的西路軍第三、四、五旅負責掃蕩川南各府、司，袁韜、胡九思兩個旅負責南線作戰部隊的水陸交通以及嚮導、翻譯等的任務，因為這兩個旅大多都是本地人。
而他的中軍將領竇名望、李虎、李德容則駐守在成a都附近的幾個縣，以確保成a都的安全，李定國、劉文秀、馬金、馬文這四位義子則留守成a都，直接保衛高峻山的安全。
在肅清明廷殘餘的戰鬥中，各路大軍都進展神速，僅用了二個月的時間，就幾乎佔領了四川全境，除了遵義和石柱。
石柱是因為有秦良玉在那裡堅守，義軍始終沒有攻破秦良玉的防線。自從夔門戰敗之後，她便回到石柱，組織鄉民，操練軍隊，準備與義軍決死一戰。
戰報到了高峻山手裡，高峻山知道秦良玉是抗清的英雄，從民族大義的角度來說，高峻山十分敬佩秦良玉，所以，他下令，停止對秦良玉的攻擊，念及秦良玉抗清有功，讓石柱暫時獨立一段時間。
秦良玉字貞素。是明末的女將軍、民族英雄。四川忠州人。上柱國光祿大夫，中軍都督府左都督，駐四川等多處提督、總兵官，鎮東將軍，少保加封太保兼太子太保，一品夫人，忠貞侯，為石砫宣撫使馬千乘之妻。她為人饒膽智，善騎射，料敵如神，兼通詞翰，常為男子裝。
她自幼從父秦葵習文練武，丈夫死後，繼任其職，她曾出兵救援瀋陽抗擊韃子，被明熹宗封為二品夫人、充總兵官，並賜“忠義可嘉”匾額。崇禎三年，奉詔勤王，收復永平、遵化等四城，受到朱由檢優詔褒美並誥封一品夫人，加封少保、掛鎮東將軍印。
秦良玉不肯投降高峻山，但是她也沒有能力打出石柱，堅守石柱七年，於公元1648年7月病逝家中，她死之後，石柱才歸屬高峻山管轄。
佔領四川之後，高峻山又起兵攻打漢中。
崇禎十四年八月中，他親率白文選的西路軍第一旅及中軍將領竇名望、李定國、劉文秀、馬金、馬文、李虎、李德容，共計十二萬大軍，由川北出七盤關，向漢中進軍；同時命令賀人龍旅由房縣出發，攻打漢陰，以分散漢中守軍的兵力。
張化龍、王尚禮、王自奇三位總兵聽說要打漢中，紛紛前來請戰。
三人一身戎裝，來到蜀王府。
蜀王府規模雄偉、富麗堂皇，北起東西御河，南到紅照壁，東至東華門，西達西華門，面積三十八公頃多。整幢建築坐北朝南，處處殿閣樓臺、金碧輝煌，府內的建築主要有承運門、承運殿、端禮殿、昭明殿……。
莊嚴的正門點綴著樂亭、表柱、三橋、石獅等皇家建築，令人感到肅殺之氣。接著是蜀王府的心臟--承運殿，該殿為蜀王理政之處，用西南名貴的楠木製成。北面有用楠木製造的蜀王寶座。再後就是蜀王居住之處，建築十分精巧華麗，園林精緻優美，小橋流水，鳥語花香，簡直就是人間仙境。
當然，現在蜀王的寶座變成了高峻山的寶座，蜀王的居住之所自然也成了高府。
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三位總兵進到蜀王府，穿過承運門，來到承運殿。
高峻山正坐在承運殿的寶座上與軍師田文居和四川巡撫邵捷春商討事宜，管家張從稟報，張化龍、王尚禮、王自奇三位總兵求見。
高峻山道：“趕快請他們進來！”
三人進到殿來，向高峻山行過禮後，高峻山問：“三位都坐下說話，你們找我所為何事？”
張化龍問：“秦王，聽說你要出征漢中？”
高峻山道：“是的，漢中乃‘形勢之地’，所謂‘前控六路之師，後據兩川之粟，左通荊襄之財，右出秦隴之馬，號令中原，必基於此’，漢中地處漢水上游陝南秦嶺、巴山之間，四周環山，漢江中貫，‘北瞰關中，南蔽巴蜀，東達襄、鄧，西控秦、隴，形勢最重’，土肥水美，物產豐饒，農業發達，歷來都是兵家必爭之地。就軍事而言，這裡地處關中與巴蜀之間，作為西南、西北我軍的一個中間樞紐地帶，誠為西部戰略要地。”
張化龍道：“我軍佔領成a都不久，這裡離不開秦王，我張化龍願領一旅人馬，替秦王去征戰漢中，不下漢中絕不回師！”
王尚禮和王自奇異口同聲道：“我王尚禮（王自奇）願替秦王出征漢中！”