崇禎三年六月初，大明內閣為祝賀與烏斯藏簽訂友好互助協議，頒佈特別邸報，宣佈四件大事；
一、在京城居留的各位親王報備內宮允許後，可在直隸境內自由活動；如思鄉心切，可回鄉探親，時長三個月；解除鳳陽府皇家宗人府內皇族成員的圈禁，全部做為平民發往遼東戍邊。
二、大赦天下，恢復南京稱號，改金陵為南京，恢復江南總督轄區三省一府崇禎三年的鄉試。
三、設立青海總督區，轄西寧衛、朵甘衛及土默特青海衛，孫應元為第一任總督，鎮北軍軍部改駐西寧。
四、帝將於六月中南下鳳陽、南京兩地祭祖、省親。
內閣邸報發出後，五軍都督府對軍事部署做出調整，對大明各地駐軍進行大規模調整：改鎮北軍為皇家陸軍第一軍團、鎮西軍為皇家陸軍第二軍團、鎮南軍為皇家陸軍第三軍團。
首先：第一軍團管轄的六個陸軍鎮進行整編、復員工作，各鎮改為兩旅編制，保留番號陸軍第一、三、七、九鎮，分別駐瀋陽、長春、哈爾濱、丹東等四地，四鎮總兵為趙率教、黃龍、馬世龍和王廷臣；
六個騎兵鎮未做調整，軍團長趙率教，副軍團長黑雲龍、馬世龍、滿桂；但駐地進行了調整，陸軍騎兵第二鎮駐紮哈爾濱、騎兵第十鎮駐新化、騎兵第八鎮駐齊齊哈兒；陸軍第四、六、九等三鎮駐紮丹東、通遼、白山沿線。
整編下來的步兵，被整編成屯墾軍被調到到長春到哈爾濱一帶放牧，屯田。
其次：第三軍團調出陸軍步兵第十、十二鎮，陸軍騎兵第九鎮等三鎮兵力；餘下三鎮駐地調整如下：駐濟南的第八鎮改南京，駐南京十三鎮改杭州，駐合肥第十四鎮改松江府。
再次：在長沙組建皇家陸軍第十五鎮，總兵為毛文龍；調鄭州第十鎮南下武漢，武昌的第十二鎮南下南昌，此兩鎮與第十五鎮組建第四軍團，軍團駐地長沙，毛文龍任軍團長。
再次：第一軍團空出番號的陸軍第五、十一鎮，在成都組建兩個鎮，總兵分別為楊國柱、杜文煥；在重慶組建陸軍第十七鎮，總兵秦良玉；三鎮均為兩旅編制，組建第五軍團，軍團長楊國柱，軍團駐地成都。
最後：第二軍團新組建了皇家陸軍第十六鎮（西寧衛）總兵李如楨（李成梁三子）
其它調整：召近衛軍副軍長周遇吉回京，派滿桂到遼東前線指揮剿匪，同時將駐紮石家莊的陸軍騎兵第九鎮調回北京，與在遼東的近
衛軍騎兵第一鎮對調番號和歸屬地。
內閣和五軍都督府的這一系列的動作，背後包含了深刻的含義。
表明大明內部的戰爭基本結束，剩下的是剿匪、種田和休養生息的時間。
遼寧匪情初步平定，除了一、兩個後金的死忠往北退進大小新安嶺崇山峻嶺，他們已成不了氣候，單蒙古各衛的武裝牧民和屯墾軍就足以對付他們。
大批對土地抱以熱情的中原移民，跟在明軍騎兵鎮背後圈地已圈到金上京（哈爾濱）附近，可謂是一舉多得，緩解了關內地區人口壓力不說，也擴充套件的邊界。
為有效管理東北領土，內閣宣佈成立了東北總督區，轄三個新建行省，調山東巡撫陳奇瑜做首任總督，朱大典補山東巡撫。
轄區內重點修建了哈爾濱、長春（黃龍府）、齊齊哈爾等三座大型堡壘，和系列輔助堡壘保護交通線。
新化總督區的改制也是不錯，修建新化（呼倫 貝爾）大型城堡，總督駐地也擇日搬遷。
科爾沁、敖漢、巴林、翁牛特、扎魯特等五部留下大片草場，朝廷在個重要節點劃出大片土地成立皇家牧場，限制各衛之間的自由移動，也給其它各衛留下足夠分配的牧場。
北方各行省和江南地區土改已完成，皇家陸軍各鎮部隊往南調動，開始輔助內閣加強兩湖、江西等三省土改力度，北方各省治安交給巡防營負責彈壓。
崇禎帝朱由檢在登基之初，由於百病叢生、政權不穩，不得不舞動的大刀，現在正慢慢的往下落；雖還不到放馬歸山、刀槍入庫的程度，但調門已沒開始時那麼高了。
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軍備調整同時，大明朝廷也開始改變部分內政，適當反思過去，逐步放開輿論管控。
內閣的邸報、京城的《京城週刊》等畫風一變，在號召開發東北和西北的同時，連續一個月報道萬曆朝李成梁、戚繼光和俞大猷等人的功績；
版面和內容也開始增加，開始變得豐富多彩：有各地建設情況彙總、黃淮整治連續報告、肅清吏治連續報道、鹽戶生活變遷、遼東來信、臺灣的前世今生、工商要聞等等內容。
江南總督府也開始刊印地方性《江南春秋》，五天一發，專門刊登大明新聞動態、工商動態、時事評論、詩文鑑賞、小說連載等內容，發往長江沿線各省。
其它總督區也想發地區性報紙，但奈何資金不夠才做罷。
大明的變革拋棄了狂風驟雨，變成和風細雨，潤物細無聲。
一切都在慢慢的變化著，大明的百姓隨著這些變化慢慢的改變著。
大明關內（長城內）各省的風平浪靜，掩蓋了四川、貴州兩省衛所的整改，更掩蓋了遠在西北對烏斯藏的軍事行動準備工作。
崇禎三年五月中旬，甘肅省蘭州城
鎮西軍軍長孫應元陪同來訪的陝甘總督洪承疇，來到城西白塔山遊玩觀景，從白塔山可以看到黃河對岸蘭州城全貌。
兩位年紀相仿、地位相同的人站在一起默默的看著，也沒多少聊的，倒互相敬重對方，也不會失了該有的禮數。
最終還是洪承疇厭煩了客套，發起了感慨：“應元兄，想當年在乾清宮看為兄和曹兄弟的軍事操演，恍惚就在昨日！一晃數年啊！”
“是啊!一晃數年，不僅咱們變了，大明也整個變了樣！”
“是啊！大明變得更具有攻擊性了，弟不知是福，還是禍？”
洪承疇想著身邊這位兄弟就要出征，那地方人煙稀少、苦寒難熬，出征的中原男兒，最後又有多少能活著回到妻兒身邊，不禁又發起文人的感慨來
“怎麼？彥演兄（洪承疇的字）剛過幾天安穩日子，就這麼感慨？”
孫應元出身軍戶，對下層的苦看得透徹，知道如果不消除外來的干擾，大明下層的苦將更重，回話也帶了點刺。
洪承疇做為總督，又如何不知這些，裝作沒聽見嘆了口氣，接著說道：“國事艱難如是，大明又有多少人看明白？遼東雖平，但陝西乾旱尚在，那些豪族醉生夢死，又有幾人在乎為兄和軍士的付出。”
痛！刺骨的痛！
孫應元現在也算是豪族一份子了，聽到這話還是莫名心痛！一時竟找不到合適的話來反駁。
兩人就這樣默默的看著黃河，流經山腳往下奔流而去，只有這黃河亙古不變，持續哺育著中原的子民。
大明的變革不是你死我火的階級革命，沒有將整個社會全面的推倒重來，頂多算地主階級的改良運動，豪族自然還有很多，更保留許多陋習。
這些還需要時間和法令來調整，一時半會真還沒辦法，所以皇帝在拼命的建工廠和學校，就是要扶持一批新的階層。
皇帝似乎忘記了，任何時代社會上層圈子的人，要賺錢是最容易的； 皇帝沒忘記，自己動手得來的財富，才是真正的財富；過多的賜予而不用付出，社會也不會進步，最後還是死路一條。