六月七日，內閣限定最後限定日期一過，應天巡防營衝進了貢院將以張浦為首的五十人駕走，隨後大批環衛工人進入貢院清理遺留垃圾及標語，他們花了五天的時間才將被弄得面目全非的貢院清理乾淨。
北京江南會館被查封，躲在裡面談事情的溫體仁和錢謙益（倆人已被革職在家，偷偷入京為內閣名單活動，此次學 運是互相利用一起策劃的)一起帶走，在家的幾名御史被東廠請去喝茶、問話。
事件過後，邸報刊發崇禎親寫的《黨爭猛於虎乎！》，痛批了一些人為了權利，是非不明、結黨營私、相互勾結，今日是敵人、明日成朋友，將國家利益至於身外，進行道德綁架，其自身又沒有任何道德底線的惡劣行為。
接連幾日刊發了溫體仁和錢謙益的一些貪汙受賄、任人唯親的奇聞密事，每件都證據確鑿，讓人無法反駁，兩人的聲譽自此一落千丈。
魏忠賢看到邸報當即派人查封了錢謙益在江南各地的財產，根本不等正式通報後再按律查抄；而且秘密監視風頭很盛幾位名士，如有童生聚會立馬驅散或抓捕，根本不給你解釋；更過分他那幾個同黨還給出規定:童生無辜聚會剝奪功名，以至“閹黨”名聲在江南更臭了。
朱由檢沒有將貢院絕食的那些學生關起來，被審查了幾日後將他們送去了陝西的皇莊強制勞動教育，讓他們去瞭解西北的實際情況，免得一天到晚不知天高地厚的瞎搗蛋。
他們當中一些人加入了後來對烏思藏的行動死在大明的邊疆，一年後被朱由檢赦免，有些留在了當地，有些回到老家繼續參加科舉考試，他們當中也有人後來在文學、農業、醫學和牧業上取得不錯成績。
張浦回到江蘇老家後還是加入了“復社”，參加了崇禎三年的科舉考試一舉中第，傳為一時佳話，最後成了文學大家。
溫體仁和錢謙益全家分別被發配到九原（包頭）和呼和浩特推廣儒學、教化牧民，幾位御史則被發配到雲貴推廣儒學、感化山民。
那錢謙益到牧區竟然如魚得水，混得風生水起，在六十歲高齡還娶了一名小部落的十四歲的小公主，夫妻兩恩愛不已，經常雙棲雙飛，在草原傳為佳話，吸引了無數大明風流儒士蜂擁前往草原各地教化當地民眾。
朱由檢快刀處理了京城的學子事件，十日召開禁軍各鎮團以上軍官會議。
六月中五鎮被調往天津；四鎮帶著留在當地的一半俘虜回到北京；二鎮被調往鄭州，三鎮被調往濟南，這兩鎮攜帶全部裝備南下在當地
皇莊補足兵源變成三旅制；六鎮在保定與保定鎮混編成三旅制後調往石家莊。
北京剩下一鎮、四鎮補足兵源後和天津調回北京的兵混編成三旅制一萬八千人，兩騎兵鎮同樣擴編成三旅制一萬五千人，周遇吉帶著騎二鎮南下德州。
大同鎮總兵滿桂帶一萬騎兵南下太原，保定鎮南下邯鄲。
六月底內閣要求各地要求在一月內完成登記土地情況，逾期將按萬曆年間土地登記為準。
會試完成後，朱由檢沒去貢院評卷，約了宋應星、孫元化起身去了宛平，去視察哪裡的重工業區建設問題。
崇禎一年六月下旬 宛平城 盧溝橋
朱由檢現在已無心觀看“盧溝曉月”的風景，宋應星的話給他打擊很大，到現在他還沒透過氣來。
宋應星這貨還在橋上喋喋不休的說道：“陛下！工坊區放在盧溝橋下游河段實在不合適；這個渾河之所以為渾河，是因為它會犯渾，在瀘定橋以下多次泛濫成災；特別是六、七月暴雨季節，上面的洪水彙集大量泥沙衝下來，到這河道比較平緩的地帶泥沙沉積，河水蔓延，河堤很容易被沖垮。”
朱由檢抹下額頭上的冷汗，無奈的道：“那如何處理是好呢？”
宋應星指著盧溝橋北方，回道：“陛下，臣已將工坊區建在石景山碧霞元君廟附近（今首鋼附近），臣的奏章已稟報過，難道陛下沒看到？可能陛下太忙，請陛下贖臣未告之罪！”
他說著就要伏地磕頭，朱由檢自己疏忽出的錯，怎能讓下屬承當，忙用手扶著他的胳膊說道：“這不怪你，你做得好。渾河這樣難到沒法馴服麼？”
宋應星看著平靜的河水，若有所思道：“陛下，與其爭便會受其所害，若縱之又費地，需要一個平衡點，工程浩大。”
朱由檢明白了，他的腦海裡也冒出了些許有關永定河和門頭溝的故事，便又問道：“門頭溝那邊的山洪厲害麼？”
宋應星奇怪陛下來看重工業區的，怎麼老是問治水的事，他不敢反問，只得老實的說道：“回陛下，這個臣關注過，主要是讓出河道周邊，將工棚遠離河谷，採用的是費地的做法。”
朱由檢知道這也許目前是最好的辦法了，嘆了口氣，說道：“你組織工部懂治水的詳細勘察下渾河的水文，想幾個如何治理的方案；做長遠的打算，這條河總要管的，京城和天津的安危還要看它的臉色，以後還是叫它盧溝河吧！”
宋應星想著這可是好事，說不定流芳百世，忙點頭稱是。
朱由檢成功的轉移了下屬對自己失誤的注意，心情大好，轉過頭來看著孫元化道：“孫大人，現在高爐怎麼樣了，能跟上火炮的需求麼，朕還需要威力更大的火炮。”
孫元化忙道：“陛下，這事可急不得，主要人員培訓問題，現在生鐵缺口比較大，等石景山的煤鐵聯合廠建好了就差不多了；這裡有六個豎爐三個平爐，年產最高可到三百六十萬斤生鐵，九十萬精鋼，只怕到時礦石跟不上。”
朱由檢忙問道：“礦山那邊誰在管，人手怎麼樣？”
旁邊的宋應星命苦，啥事都知道是怎麼回事，回道：“回陛下，礦山是內宮監在管，現在還能滿足，以後難說。”
朱由檢知道以目前的技術，肯定是人工開採，加一部分滑輪、吊車之類的東西，至於鐵製和鋼製的軌道什麼肯定沒有，嘆道：“機械廠怎麼樣了？礦山如果用上機械設備可以提高產量。”
老黃牛宋應星在一邊回道：“回陛下，機械廠要等高爐投產後兩個月才能建好，鋼鐵聯合企業下月就能投產，主要是糧食供應有點緊張導致人員不夠。”
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連環套，一環扣著一環，朱由檢嘆了口氣，知道自己心急了，慢慢來吧。
想明白的朱由檢回過頭對孫元化說道：“是朕心急了，就按原定計劃吧。現在主要任務是加大人員培訓，改進工藝流程，不久就要取消匠戶制和軍戶制了，你們給朕把能人都把住了，人才才是一切。做好五年內要在南京、太原、武漢、西安那邊建好同樣規模工坊區的準備，多用人做事。”
宋應星和孫元化激動的對視了眼，忙點頭不已。
朱由檢沒他們他們神情，看著盧溝橋的石獅繼續說道：“有時間朕見見那些洋人，把他們都用起來，機密的東西保管好，就不要讓他們知道。”
宋應星忙道：“陛下請放心，他們不會知道機密的東西。”
朱由檢笑道：“那就好，陪朕好好欣賞風景，這些石獅好像都不同。”
兩人一聽忙仔細觀察起橋上的石獅來，還真不一樣，三人在橋上討論著，橋下盧溝河水象以前一樣靜靜的流著。
注：
1、
永定河，明時叫渾河，清後整治後改名永定河。
2、
盧溝橋的欄杆上石獅因年代久遠、多次維修，每次維修石頭材質、手工均有差異，導致石獅也有差異。