山谷激戰還在繼續，這個地方註定成為很多人長眠之地，有蒙古人也有南方的明人，今天他們在這裡為著自己心裡的大汗（皇帝）捐軀。
就在林丹汗為了觸手可及的希望投入了最後的有聲力量，戰況發生了變化。
眼前那些方陣就好像會魔法，兩個方陣在經歷陣線被衝破的短暫騷動後它竟然癒合了，自己修補了缺口繼續往外噴著火光和硝煙，將衝進去的勇士放走，讓它們消失在整個巨大方陣體系的肚子裡。
更可怕的是它們還會緩慢的移動著，將衝過去的人卷來轉去的，然後用火光和硝煙將他們吞噬，兩側的明軍已變成行軍縱隊向他壓了過來。
這不是人，是頭殺人的怪獸，是一臺四周吐著火光的怪物在草原收割著蒙古勇士的殺人機器。
人生大喜大悲莫過於此，他知道自己夢想破滅了！
他的大軍完了，他的蒙古汗國完了！
他多想有顆炮彈飛來結束他的痛苦，可長生天在這一刻格外照顧他，竟沒有一顆炮彈飛來他的身邊；來的是之方陣外遊蕩的兩隊騎兵，林丹汗不用想就知道這些騎兵是衝他來的，他已沒心思關心在前方自己忠心耿耿部下的生死，他想到了死，以自己的死來瞭解這一切的痛苦。
可命運再一次給自己開了個玩笑！
他不知道自己怎麼掉頭的，只聽到身邊忠心的怯薛軍大喊了句：“大汗，快走”，忠心的軍官調轉他的馬頭，在他的馬屁股上狠狠的抽了幾鞭子，自己帶著兩千人飛蛾撲火般迎上明軍，為自家大汗爭取時間跑路。
林丹汗被剩下三千騎帶著木然往大營跑去，遠遠
的就看到大營冒出的黑煙。
此地不宜久留，他下意思的喊道：“回集寧”。
可沒跑多遠一陣密集的火炮響起，他身邊的騎士倒掉大半，他的戰馬被腳下的屍體絆住馬失前蹄，他凌空飛起狠狠的掉在血泊裡，當場摔得眼冒金星；餘下的怯薛軍哭喊著想過來救他們的大汗，又被一陣銃聲放到在地；孫傳庭帶著宣大鎮殺了過來，趁著大營空虛將他攻破，在半路設伏將林丹汗抓獲。
靠個人勇武之力的時代已過去了，火藥時代已來臨。
戰鬥在下午結束了，林丹汗帶來的五萬人：戰場留下三萬多具屍體，重傷的被明軍 用刺刀補殺，明軍自己都沒過多的草藥救治自己的重傷員，對蒙古韃子更加不會仁慈，這是那個時代的特性；逃走的不到五千，林丹汗以下一萬五千人被俘，（其中輕傷約五千人，肢體健全的不足萬人），馬匹萬餘匹。
明軍傷亡不到五千人，近三千人殘疾無法繼續服役，接連兩戰將幾個月儲備的彈藥消耗一空，禁軍近期再無進行大規模的戰鬥的能力。
此戰同樣將察哈爾直屬部眾青壯消耗一空，察哈爾部再也無力對周邊弱小部眾進行無力威脅。
一日後呼和浩特城被明軍攻陷，守城的五千察哈爾部死亡兩千，被俘一千，兩千突圍直奔集寧而去，留在呼和浩特附近的察哈爾部眾約三萬婦孺被俘。
十天後，朱由檢帶著大軍押著林丹汗逼近集寧，得知呼和浩特丟失的額哲（林丹汗之子）已無路可去，獻出蒙古帝國皇帝玉璽，率察哈爾餘部三萬人投降；林丹汗與自己的兒子、七個老婆終於團聚，土默特部與察哈爾部的財富
落入明軍手中。
朱由檢並不想殺了林丹汗，想留著他制約其他蒙古王爺，在與他繼續討價還價後；林丹汗宣佈去掉蒙古帝國汗位，將察哈爾部汗位傳給其子額哲，察哈爾部世代效忠大明皇帝；其子額哲先去北京講武學院學習，察哈爾部歸還所脅迫土默特部眾，明軍將從察哈爾部抽一萬騎兵編入明軍。
朱由檢承諾宣化到集寧一帶為察哈爾部遊牧草場，草場邊線受大明皇帝保護，餘下部眾由林丹汗選定萬戶率領留在集寧一帶遊牧；林丹汗被封為大明逍遙王，特許擁有五十名蒙古人護衛。
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從此以後，蒙古帝國滅亡。
四月二十七日，朱由檢向漠南、漠北各部蒙古部落發出號令，要求四個月後在張家口外商議明蒙通商問題，同日帶著在殿前直軍三衛騎馬去呼和浩特與順王會晤。
孫傳庭帶大部隊在集寧監視察哈爾餘部，抽取一萬騎士加入明軍，與宣府鎮、大同鎮、騎兵一鎮騎兵混編，騎兵一鎮變成三旅制。
四月三十日，孫傳庭帶著宣府鎮、四鎮軍禁軍，押著逍遙王一家及部分戰利品南下，隨行牛、羊無數；九日後到達張家口，禁軍四鎮在此停留三日與宣府鎮合編後帶著逍遙王一家南下，五月二十二日到達北京附近。
大同鎮總兵滿桂暫駐集寧。
五月一日，朱由檢到達呼和浩特暫住弘慈寺，與寺內高僧暢談佛法，表明大明支援藏傳佛教格魯教派，希望在適當的時候四世班禪和他的弟子五世達.賴喇嘛能去北京宣揚佛法。
此時的西藏如同歐洲，處於宗教戰爭期，朱由檢沒理由不幫助班禪大師。