時光荏苒，歲月如梭，距離鴻鈞立下三皇已有幾十年。自巫妖大戰，洪荒破碎，人族雖在鎮元子的保護下比其他種族好了許多，但也死了很多人。畢竟沒有誰會想到共工最後竟然會怒觸不周山，導致天柱折，四極廢。
此時經過接近百年的修養生息，沒有了巫妖二族的干擾，人族逐漸發展起來。並且分成了許多部落，這些部落裡最為有名的便是燧人氏和有巢氏，這兩個部落的姓氏乃是卿羅賜下的。
有巢氏“構木為巢”，在樹上建造巢穴，基本上可以有效防止一些毒蛇猛獸的偷襲，人族在其中能安然入睡，能得到更好地休息，生存能力提高了一大步。人族初生，居於洞穴之中，常常被野獸偷襲，有巢氏想出這種辦法後，族人受傷的機率大大減下，
燧人氏“鑽木取火”，摩擦生火第一次使人族支配了一種自然力，從而最後與一般的動物分開。不再食用生食，而能夠用火做出熟食，保暖，驅趕蟲蛇。崖助將這兩件事報告給了卿羅，卿羅十分高興於是給這兩個部落賜下了姓氏。
這兩個部落也十分高興，卿羅雖從未來過人族。但自很久以前卿羅幫助他們打退妖族，並且派崖助等人來保護他們，傳授他們道法後，卿羅聖人在人族的心中幾乎與創造他們的女媧等同。能夠得到卿羅賜下姓氏，對他們來說乃是天大的榮譽。
閬中自古以來便是一個山靈水秀，地傑人靈的地方。一日，一個無名的小部落中一位名叫華胥的少女在雷澤嬉戲遊玩，看到了一個巨大的腳印感到十分好奇。走過去踩了踩，突然覺得渾身暖洋洋的，意有所動，一道七彩的虹纏繞在她的身上，片刻後消失不見。華胥嚇了一跳，慌慌張張的跑回了部落，不久後竟然懷孕了。
華胥未婚有孕的事情被部落中的人知道了，大家都議論了起來，華胥自己也解釋不出這是誰的孩子，但卻堅持把孩子生下來。懷胎十二年後，華胥生下來了一個人首蛇身的男孩兒，取名伏羲。
部落裡的人十分恐慌，認為華胥是生了一個妖怪的孩子，想把他們母子趕出去。就在這時，一個身著青衣的道人便隨著祥雲從天而降，諸人趕緊跪下拜倒。
廣成子看了看滿臉淚痕的華胥和她懷中抱著的人首蛇身的嬰兒，皺了皺眉，那孩子怎麼看怎麼像個妖怪，真的會是老師口中的天皇嗎？
廣成子微微搖了搖頭，看著地下跪拜著的眾人，向著華胥問道：“我乃崑崙山玉虛宮元始天尊門下大弟子廣成子，這孩子與我們闡教有緣，我代老師收他為弟子，你可願意？”
華胥抹了抹眼淚，愣愣的看著廣成子，眨了眨眼，似乎以為自己聽錯了。看到廣成子和地上的幾位長老全都看著她，華胥這才反應過來自己沒聽錯，趕緊點了點頭，跪下說道：“願意，願意，仙長願意收下小兒傳他道法自是小兒的機緣。”
廣成子點了點頭，很滿意華胥的態度，說道：“等到他懂事後我家老師自會前來傳他道法。”說著又看向地上眾人說道：“小師弟天賦異稟，自是與常人不同，待到他修煉有成自會恢復人形，你等不必害怕。”
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地上眾人點了點頭，連連稱是，廣成子這才滿意的離開了。天皇伏羲，自此拜入闡教，為原始弟子。碧遊宮，通天自是知曉了剛才所發生的事，皺了皺眉便又閉上了眼睛。
原始之所以能如此之快的發現了伏羲的蹤跡還是卿羅在通風報信，卿羅當初從鴻鈞那裡拿走了本該為原始所得的白玉如意與原始結下了因果。此時卿羅正好告訴他伏羲所在，了斷了兩人之間的因果。
因果了斷後，原始自然明白了前因後果，但也不好再說什麼了。只在心中揣測這神秘的小師弟究竟是什麼來歷？神通達到了何種程度？為何每次都能知道許多他們其餘幾位聖人也不知道的東西？
十八年一晃而過，伏羲果然如廣成子所說已經化為人形，不再是人首蛇身了。十八歲的伏羲比部落裡所有的人都要強壯而且精通道法，知曉了許多他人不知的知識，這些知識全是他從夢裡學來的。
從幾年前開始他每晚都會做夢，夢裡總會出現一個道人，自稱玉清原始天尊，是他的師父。在夢中，那便宜師父會教導他修煉和許多奇奇怪怪的知識。
伏羲覺得學習這些知識很是有趣，開闊了自己的眼界，於是就一直堅持了下來。直到他不久前滿了十八歲，那元始天尊說他已經學完，可以出師了，從此以後他便不再做夢了。
伏羲十分的聰明，而且善於觀察，他模仿蜘蛛結網發明了漁網，用於捕魚，還流傳到了其他的部落，大大提高了自己的名氣。後來伏羲所在的部落首領過世了，伏羲被選為了新的首領。
伏羲成為部落首領後，更加致力於發展人族，他教導族人漁獵，大大地提高了人族的生產能力。同時教導子民馴養野獸，從此他們不再用生命和鮮血去和野獸搏鬥從而獲得食物。
伏羲還變革了婚姻習俗，倡導男聘女嫁的婚俗禮節，使血緣婚改為族外婚，結束了長期以來，子女只知其母不知其父的原始群婚狀態。
伏羲還始造書契，用於記事，取代了以往結繩記事的落後形式。發明了陶壎、琴瑟等樂器，創作樂曲歌謠，將音樂帶入人們的生活，幫助人們“修身理性，反其天真”。
附近許多部落聽聞了伏羲的善治，前來投奔他，原本伏羲所在的小部落逐漸發展起來變成了一個大部落。伏羲為了方便治理，將其統治的地域分而治之，而且任命官員進行管理。
伏羲自小便在原始天尊的教導下成長，自是與一般人不同。他對這個世界十分好奇，常常觀察天象。於是他經常站在卦臺山上，仰觀天上的日月星辰，俯察周圍的地形方位，有時還研究飛禽走獸的腳印和身上的花紋。
有一天，伏羲又來到了卦臺山上，正在苦苦的思索他長期以來觀察的各種天象。突然之間，他聽到一聲奇怪的吼聲，只見卦台山對面的山洞裡躍出一匹龍馬。
說它是龍馬，那是因為這個動物長著龍頭馬身，身上還有非常奇特的花紋。這匹龍馬一躍就躍到了卦臺山下渭水河中的一塊大石上。
這塊石頭形如太極，配合龍馬身上的花紋，頓時讓伏羲有所了悟，於是他畫出乾、坤、震、巽、坎、離、艮、兌八種懸卦的符號，叫做“八卦”，以代表天地間的種種事物。並用八卦來推演出許多事物的變化，預卜事物的發展。
隨著時間的流逝，伏羲的名氣越來越響，更多的人投奔了過來。伏羲所在的部落也越來越大，最後他不得不採取了部落聯盟的方式管理各個部落。
鴻鈞曾立三皇之事已經傳遍了洪荒大陸，伏羲諸位臣子認為伏羲善治，演八卦，授漁獵，制嫁娶等等，造福人族，當為三皇之一。於是請命造了高臺，搭建祭壇，稟明人族聖母女媧娘娘和人教教主上清道德天尊立伏羲為天皇。
祭祀剛唸完，話音一落，只見天上祥雲滾滾，一輛五彩鳳凰所拉的鸞車飛了過來，人族聖母女媧走了出來。另一方，一個坐在青牛上的老者和一個道人出現，緩緩行來，正是老子和原始。
女媧看著伏羲，眼中淚光隱現。當初她去紫霄宮求了鴻鈞，鴻鈞應下後伏羲便元神出竅入了六道輪迴。此時早已失去了往日的記憶和修為，自然是不認識她。伏羲看著高高在上的聖母娘娘只覺得十分親切，卻又不敢褻瀆。
老子說道：“伏羲，今日天皇立，你本該去三十三天火雲洞修煉。只可惜你此時後繼無人，當等到地皇誕生，可以繼位後再離開。”伏羲跪在地上聽了此話點了點頭，說道：“伏羲遵命！”
老子說完便離開了，原始留下囑咐了伏羲一番，留下了一些靈丹妙藥，這才離開了。伏羲知道這個道人是他的師父，於是收下了靈藥，親自將原始送走。女媧站在一旁半響，看著笑的十分開心的伏羲，心中又是高興又是欣慰。
以前的伏羲總是一個人修行，沒什麼朋友，女媧常常見他一個人孤單的彈著伏羲琴。此時突然見到伏羲那麼開心的樣子，嘴角不由微微上翹，不想打擾他，悄悄的離開了。
隨州，有一個名叫安登的美麗少女，天天到烈山上放羊，一有空閒就到山上一個幽深的古洞裡小憩一會。一次，她坐在洞中倚著洞壁睡著了，在甜美的夢鄉，她見到一個自稱龍子的英俊少年同她相親相愛，纏綿不已。
後來安登住進洞裡，並在農曆四月二十六日生下七斤重的肉球。安登的家人對肉球頗為反感，於是舉起石刀，欲劈肉球，沒想到肉球自動裂開，跳出一個胖小子。安登十分高興，為他取名“石年”，地皇神農氏誕生。