至於正紅旗和正藍旗則成了漢人旗。正紅旗的旗主是洪承疇，固山額真是趙良棟；正藍旗的旗主是范文程，固山額真是張勇；鑲紅旗固山額真為白如梅。此外，漢族將領，原鑲紅旗副都統杜敏；正黃旗護軍統領孫達理都在其中充任梅勒額真。
這樣一來，大清八旗當中正黃旗、鑲黃旗、鑲白旗是滿洲旗；正紅旗、正藍旗、鑲紅旗是漢人旗幟；正白旗和鑲藍旗為蒙古旗。
但是，滿洲貴族在蒙古的正白旗中安插了自己人，也就是那巴爾泰領兩個騎兵標，分走了蒙古正白旗三分之一個旗。好在正白旗兩個協的六個標和其他旗不同，有四個騎兵標，兩個步兵標，否則擅長騎兵的蒙古人可就要吃大虧了。
滿洲貴族又在漢人的鑲紅旗中安插了一個梅勒額真，就是慄噶，分走了一個旗中的兩個協中的一個協，也就是兩個步兵標和一個騎兵標，等於拿走了半個旗。
所以，實際上滿洲人擁有三個旗加一個旗的百分之八十，相當於三點八個旗，是新八旗中最具有優勢的；漢人佔據二個旗加半個旗，居中；剩下的是蒙古旗，最有劣勢。
不過，洪承疇親自掌控火炮十三營，黃梧逃到北京後與其子黃芳度一起進入了火炮十三營中，這使得漢人與滿人的差距縮小了。
在軍事裝備上，滿洲三個旗全是火器旗，漢人的正紅旗和正藍旗是火器旗幟，同時火炮十三營掌握在洪承疇手中，因此滿漢的實力對比其實差不太多。
李存真的崛起可以說使得漢族的勢力有了一個大幅度的提升。這意味著歷史上因為太平天國革命運動而導致的滿清漢族大臣勢力崛起的歷史事實提前上演了，只不過漢族大臣勢力上升得沒有晚清那麼多。
即便如此，滿洲權貴也沒有激烈的反對洪承疇和范文程的所謂改革，反而允許其通行。其中一個主要原因是改革使部分人的收入不降反增。特別是軍費都進了滿洲人的口袋。這就導致滿洲既得利益集團無法團結起來一起撲滅改革。加上有布木布泰的支援，所以在這幾年裡改革得以推行。
但是，河北、山西的商人就不會像滿人一樣“大公無私”了。特別是所謂的八大皇商因為滿清的掠奪已經對朝廷十分不滿。他們其實是既得利益者，因為幫助滿清推翻明朝而獲得了大量的利益。但是洪承疇和范文程的改革其中一個主要內容就是掠奪了八大皇商積累的財富。組建新軍的很大一部分經費就來自於八大皇商。所以，這使得這些人對洪承疇等極其不滿，但是暫時又找不到突破口，只能捏著鼻子認了，但心中的怨恨隨著時間的推移與日俱增。
故而，在李存真的一再“勾引”之下，不少商人開始選擇偷偷與南明合作。大量的戰馬、皮革、貂皮、人參和藥材被走私到朝鮮，然後從朝鮮又轉道進入南明。
還有一部分北貨，特別是藥材和硝，竟然是透過陸路走山西過河北南部進入山東，然後裝船用運河運到揚州的。在這一過程當中，郭玉凡和秋思等山東大俠起到了不少的作用。畢竟押鏢運鏢本來就是這些人的老本行。在兵荒馬亂的年代，面子顯得比槍桿子更重要。
不得不說，資本是沒有國家和立場的，雖然資本控制的人有立場，但是八大皇商本來就是背叛明朝投靠清朝的，如今再次投靠明朝，在他們自己看來這就是“反正”，不僅在道德上毫無壓力，有的人甚至為此而感到驕傲和自豪。因此紛紛和南明做起了買賣。這就像是英荷戰爭中荷蘭商人資本家認為打不贏英國於是投資英國一樣。
值得一提的是，滿清改革在一開始就觸及了“資金”的問題，也就是財政早就已經不堪重負。在改革伊始，洪承疇、范文程和滿洲大臣們就商量著如何才能獲得足夠的資金。為此，一群人吵來吵去，竟然為此醞釀了差不多兩年。
在這兩年的時間裡，滿清的滿漢大臣差不多分成兩派，一派以滿蒙大臣為主，強調需要做的就是多多鑄造銅錢，使用銅錢，至於黃金和白銀應該從民間調取，規定凡是民間有私自藏匿黃金白銀的一律發配為奴，需要用金銀兌換銅錢，如此一來朝廷手中的金銀就增加了。
而另外一派則以漢族大臣為主，強調應該學習南明明李李存真的辦法發行“債券”，以債券的形式來聚聯財富，同時輔之以“紙幣”，依靠發行紙幣的方式就可以挽救財政危機。
鰲拜在朝廷當中針對漢族大臣的財政政策大聲說道：“紙鈔便是亡國之相，南宋蒙元都是因為紙鈔亡國，發行紙鈔就是飲鴆止渴！現在根本就沒有到那個地步。”
范文程罕見說道：“發行紙鈔一舉擊敗李賊一切便都有了。”
鰲拜問道：“擊敗李賊要多久呢？”
范文程沒有說話，反而看了看洪承疇，洪承疇道：“少則三年，多則五年！”
鰲拜哼了一聲說道：“這是你的見解，搞不好南明便又是一個南宋，能挺一百多年，若是如此，他不死我們先死了。”
雙方經過激烈爭吵，最終還是由布木布泰決定，暫時不發行紙鈔，而是鑄造銅錢。銅材自籌一部分，剩下不足的部分就從日本獲取，正好可以透過朝鮮轉運。
由於康熙二年的時候荷蘭人失去了臺灣，便想要勾結滿清拿回臺灣，所以承擔了從朝鮮運銅的買賣。
荷蘭人想要什麼呢？除了臺灣，荷蘭人最夢寐以求的就是進入中原。巴達維亞的殖民當局不是沒有想過和李存真合作，但是由於他們得到訊息，李存真早就已經和英國合作，並且最近也和葡萄牙、西班牙有所往來便放棄了這個打算。
畢竟此時英國和荷蘭的關係非常緊張，荷蘭巴達維亞殖民當局認為李存真一定會拒絕他們。就算他們去和南明接觸，李存真答應合作多半也會是計謀，最終使得荷蘭遭受巨大傷害。更何況，荷蘭人聽說李存真其實和鄭成功早有勾結，那就更不能是真心合作了。
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這一次，荷蘭為滿清運銅，滿清則承諾開放口岸，並且租借塘沽地區，而銅則以貂皮、人參、鹿茸、皮革和食鹽等物作為交換。雙方簽訂了合同之後荷蘭才開始運銅。不過，滿清只給了部分定金，尾款遲遲沒給。
荷蘭人看中的不是尾款，而是商阜，這是他們打入中原的第一步，已經是一個十分難得的突破了。