且說，鄭成功獲得廈門戰役的勝利之後，積蓄力量準備渡海收復臺灣，以此獲取一個穩固的基地以便日後抗清。
在這一過程中，面對李存真軍與滿清的大戰，鄭成功始終無動於衷，將明李存亡看得如浮雲一般輕巧。真的是“兩耳不聞窗外事，一心只想打臺灣。”還說這是隆武皇帝的遺命。
也就是在李存真就任吳王的時候，南明延平王、國姓爺、招討大將軍朱成功正在忙著與荷蘭人一決雌雄。
讓人沒有想到的是，荷蘭的築城技術思路非常先進。特別是普羅文蒂亞城是兩座稜堡組成的防禦工事。荷蘭軍只有不到三百人，竟然頂著明鄭數萬人打。
經過十個月的激戰，荷軍上尉撥鬼仔陣亡，趕來救援的荷蘭艦隊被殲滅，熱蘭遮城失守，荷軍窮途末路開城投降。
鄭成功憑藉人數優勢終於從荷蘭人手中收回了被佔領了三十八年之久的臺灣。這一戰，足可以讓鄭成功成為民族英雄，永載史冊。
由於忙於與荷蘭人的戰爭，鄭成功對李存真榮登吳王之位，就任驃騎大將軍，雖然心裡非常不滿但是也無可奈何。
對於這個曾經對他卑躬屈膝的人，如今儼然已經爬到了自己頭上，不僅成為了朝廷的驃騎大將軍，而且成為了一字王的李存真，鄭成功雖然沒有說什麼，可是明鄭的其他將領卻顯得非常不滿。
拿下臺灣之後，很多人提議，掐斷李存真與日本的貿易路線，甚至可以截斷水真臘經由南海、臺灣海峽到南京的海上運輸路線，讓李存真這“南洋海馬仔”活不痛快！
但是，鄭成功經過仔細考慮，否決了眾人的提議。這不僅是因為李存真克復南京，在坐天山消滅了滿清奴酋，有大功於朝廷。更是因為李存真和他之間的貿易，讓明鄭從中獲取了巨大利益。
兩家自從建立了貿易商路以來，明鄭從明李處得到了茶葉、瓷器和絲綢等奢侈品，倒賣給弗朗機人大賺特賺；明李從明鄭這裡進口大量火藥和炮彈更是讓明鄭獲利頗豐。
這一買一賣，緊緊地將兩家捆綁在一起，形成了一個以賺錢為核心的利益共同體。
在這種情況下，明鄭和明李翻臉，哪怕是有齟齬，在經濟上都會讓明鄭承受巨大損失，得不償失。
而明李也是如此，李存真此時確實需要火藥，不能和明鄭掰腕子。
神州的上好的硝礦產地在河南。而李存真此時卻沒有能力進攻河南。因為短期內的戰略目標就是以前鄭成功設想的“封鎖長江”。
此外，不去進攻河南的原因正如常琨所說，缺乏騎兵。明李步強騎弱，而河南又多是平原。明李的火槍兵打敗以騎兵為主的北方軍隊不難，但是想要徹底消滅他們卻不易。
搞不好這群北方騎兵會像蒼蠅一樣，時聚時散，持續消耗明軍。明軍一個不留神就可能會吃大虧。所以，李存真認為此事需要忍耐，百忍成金，等騎兵形成一定規模再北上不遲。
由於沒有河南，便也就沒有火藥。李存真一方面勾結山西、河北皇商獲得火藥，分化滿清內部勢力，同時還是盡力拉攏明鄭。畢竟江西、湖廣、四川等戰役，明軍需要大量的火藥。
此時，能夠足量供給明李火藥的只有鄭成功集團。此時，在整個東亞地區盛產火藥的正是琉球王國和日本。特別是琉球王國既盛產硫磺又盛產硝，他們生產的火藥質量上乘，價格實在。而且他所處的位置能夠很好地供應周邊的國家和勢力，包括日本、朝鮮和荷蘭。
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明鄭集團手握日本、琉球貿易通道，就連荷蘭、西班牙等國想要和日本貿易都需要經過明鄭，更不要說別人了。因此，明李從明鄭進口火藥反而價格能便宜一些，加上數量大得驚人，很好地拉住了明鄭。
火藥這東西，荷蘭、葡萄牙、西班牙和英國也都可以提供，但是李存真對泰西極不信任，在南洋的時候就被英國坑過，此時即便是面對以信譽著稱的海上馬車伕李存真認為怕是也不牢靠。畢竟他跟荷蘭的恩怨世人皆知。
由於明李和明鄭在經濟上捆綁在一起，這讓一代英雄鄭成功不要說在與李存真翻臉的問題上顯得猶豫不決，就連搞小動作也有顧忌。
事實上，往前說一年半，明鄭方面很多人在李存真控制南京，特別是南京之戰擊敗李率泰的六萬大軍的時候就提出要效法孫權奇襲荊州的策略一舉奪取福建，如果可以的話甚至可以奪取浙江。這些人以黃昭、蕭拱宸等人為代表。
黃昭說道：“李存真之所以能夠拿下南京全是因為國姓爺興兵北伐且又在廈門血戰當中擊敗滿清安南將軍章佳·達素，導致整個滿清在東南地區兵力空虛，這才給了李存真可乘之機，一擊得手偷取南京。”
黃昭所說其實與事實正好相符。雖然說李存真作為一名教育學博士，根本不可能清晰而詳細地瞭解南明的歷史，但是李存真畢竟是個穿越者，崇拜民族英雄鄭成功。所以瞭解一些與鄭成功相關的歷史，從鄭成功起兵抗清、北伐南京、廈門大戰、收復臺灣到壯志未酬身先死，一樁樁一件件，李存真都能如數家珍。故而，作為穿越者的他提前洞察天機，精心佈局，瞅準時機果斷出手，這才一舉佔據南京，震動天下。
佔據了南京，這是一次戰略進攻。使明清爭霸沒有經過戰略僵持，直接攻守易位。
此時的鄭成功離開了江南，頭腦異常清醒，認為手下諸將的意見沒有太大意義，他說道：“你們說李存真是佔了我們的便宜？”
黃昭回答：“正是！”
鄭成功輕笑一聲說道：“我們去打南京沒打下來，人家打下來了，你說南京是你的？”
聽得鄭成功如此說法，黃昭一時語塞不知道該怎麼回答。
蕭拱宸卻說道：“但是好處也不能讓他一個人全吞了去啊！揚州、鎮江在不就是蘇州，給一個總不過分吧？”
鄭成功聽罷大笑，說道：“天底下還有講理的人嗎？你說李存真拿下南京是圖現成，拿下南直隸是圖現成，人家能承認嗎？你又憑什麼這麼說呢？現在又去討要東西，你當我們是什麼？乞丐嗎？
南直隸都在人家手裡，你要個蘇州又有何用？
再說，那你們讓我去攻打福建浙江，如果打下來了，李存真是不是也可以和你們一樣說我是佔了他的便宜？畢竟如果沒有他南京城下大敗李率泰，我們不可能從容地攻打福建、浙江。
到時候你們說怎麼分？人家給了我蘇州、揚州，放過來管我要泉州、寧波，我給是不給？”
鄭成功說到這裡眾人便全不吱聲了。
鄭成功說道：“人家李存真是動用了自己的人馬，一刀一槍流血犧牲從滿清手裡搶過來的，你卻說是你的？”
國姓爺說罷，眾將再沒有人言語。
明鄭沒有進攻福建和浙江。其實不是不好意思佔李存真便宜，而是在南京之戰後鄭成功認為自己在陸地上沒有辦法與滿清對抗。
何況，李率泰、史繼功雖然兵敗南京，但是滿清的漢軍八旗大半、滿八旗四千人還都在福建完整齊備。綠營也沒有全軍覆沒。靖南王耿繼茂的實力雖然有所削弱但是並沒有傷筋動骨。福建清軍實力不可小覷。
如果趁著李存真在南京城下擊敗閩浙總督李率泰的空檔，明鄭進攻福建，那真的就是在啃骨頭。搞不好到了最後，明鄭在福建與滿清拼個兩敗俱傷，李存真反而如眾位將領所說“圖現成”。若如此豈不是真的可恨？
因此，明鄭繼續準備攻打臺灣事宜，鄭成功對李存真取得的所有成就無動於衷。即便是李存真誅殺順治，榮登吳王寶座，明鄭也沒有一個人來慶賀。
明鄭的沒有態度清晰地表明了態度。
李存真也沒空搭理鄭成功。李存真心道：本以為你是民族英雄，可是沒有想到心眼這麼小。
於是，李存真不再抱著聯合明鄭的心思，退而求其次——只要你別當我的豬隊友，別坑我，我就滿足了。
從那以後，明鄭和明李確真是“政治冷，經濟熱”——兩家雖然在經濟上打得火熱，拼命摟錢，但是在政治上卻擺出一副老死不相往來的架勢。
甚至在鄭家，甘輝等受過明李恩惠的將領都隱隱遭遇“歧視”。
這種狀況持續了差不多兩年。直到……一個噩耗傳來……