洪武門上的清軍使用的是紅夷炮。本來滿清猜忌綠營，下令從綠營手中收繳火炮，但是時間倉促南京又是重地，所以火炮留下了十二門，沒有全部運走。但是火藥全部上繳了，供給給達素。瑪爾塞、噶褚哈和喀喀木三個滿將死皮賴臉地管達素要炮彈和火藥，達素和鰲拜穿一條褲子，瑪爾塞更是鰲拜死黨，看在瑪爾塞的面子上，達素給了三百發炮彈和五十斛火藥。正是這五十斛火藥讓南京城內的火炮打響了。沒想到，一炮下來，打碎了一門銅製臼炮，還打死了三名珍貴的炮手。這讓李存真極為惱怒，饒是如此他仍然控制住自己的情緒，繼續指揮作戰。
當下，李軍的銅製臼炮開火了，將洪武門上的清軍炸上了天。洪武門內是小甕城，即便攻克了，也還有最內側宮城的城牆攔阻，所以攻克洪武門也沒有太大意義。
李存真下令士兵放棄進攻洪武門改為進攻內城東側的朝陽門。朝陽門距離南京的宮城只有一里地多一點，是最為接近宮城的內城城門。
李存真命令一下，四百多鐵甲軍扔掉手中的長矛換上雲南式斬馬刀，在武達摩的率領下，一股腦衝上了朝陽門。由於是從城內進攻，不需要搭雲梯攻城，只要走樓梯就好，所以四百鐵甲軍沒有費什麼力氣就攻上了城牆。
朝陽門上尚有四五百清軍，李茂之下令南洋火槍兵開火，四百清軍挨了火銃齊射，轉瞬之間死的死傷的傷。武達摩率軍再一進攻，清軍無心戀戰，紛紛丟下武器逃竄。
李軍輕取東側城牆，李存真命人在朝陽門上架起火炮，轟擊滿城。李軍炮兵炮術嫻熟。一時之間，各色火炮齊鳴，滿城城牆上的清兵被一掃而空。臼炮再一開啟花彈，滿城內多處民居被毀，燃起大火。不多時，城牆便塌了一個大窟窿。
“媽的，誰來著，好像是李茂之，跟我說清軍是火炮部隊，最喜歡用火炮攻城我還不信。真是沒想到用火炮轟擊城牆竟然這麼爽！”常琨在李存真身邊叨咕道。
李存真說道：“當年尚可喜和耿仲明攻打廣州，使用了七十多門火炮。你以為滿清真的是野人嗎？他們一向是拖著火炮到處溜達。遇到堅城便用火炮攻擊，遇到野戰便以騎射和勇武對敵，否則怎麼能十分天下有其九？在這個時候，滿清的武器確實沒有荷蘭人、英國人先進，但是那說的是火槍，若是論大炮，滿清並不弱。”
常琨問：“咱們的南洋火槍好像比清軍的火炮打得遠，咱們有膛線，打得又準，能壓制火炮不？”
李存真說道：“如果是野戰興許可以，但是咱們沒和火炮交過手也說不好。現在我們雖然火槍的數量夠了，可是畢竟只有一千熟練的南洋火槍手，其他人都是新兵，咱們的火槍最難的技術動作就是暴力捶打彈丸，使彈丸變形契合膛線。手重了容易炸膛，手輕了就變成滑膛槍了。你問我南洋火槍能不能壓制火炮，我也不太清楚，理論上可以，但是實際上到底能不能行恐怕還得試試才能知道。至於攻城，膛線火槍根本就不可能壓制火炮。”
“我們以後要攻打的城池太多了，看來還是得發展火炮才行。”
李存真聽了點了點頭。
“要是不用暴力捶打彈丸，彈丸自己變形契合膛線那該多好。當年我練捶打彈丸，練了半年啊！”常琨沮喪地說道。
兩個人正說著，武達摩率領軍隊朝著滿城城牆的缺口處衝了過去……
也就是在滿城起火的時候，滿清梅勒額真瑪爾塞、噶褚哈扔下了喀喀木和郎廷佐，自己率兵逃命，他們的兵丁在南京宮城北面城牆放下繩索，滑出城牆，向北逃竄。當南京內城城牆被炸塌的那一刻開始瑪爾塞和噶褚哈就打算逃跑了。但是一直猶豫不決，而且也沒有好的機會。當李存真在朝陽門架起大炮的時候，郎廷佐和喀喀木都傻了眼，一眾滿兵全都躲進了民居。郎廷佐組織人在洪武門內抵抗，喀喀木則領著一干兵丁龜縮在宮城西南角躲避炮火。
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形勢太過混亂，瑪爾塞和噶褚哈率領滿洲兵丁駐紮在滿城北側，此時得了空檔，趁著黃昏視線不清，兩個人率領軍隊逃了出來，可不巧正好碰上關盛年率領的騎兵。瑪爾塞和噶褚哈知道不敵，除了被大刀剁了的，其餘人隱藏在民房之中。入夜，瑪爾塞和噶褚哈商量，一個去國子監放火，一個率軍突圍。
太陽剛剛落山西面的國子監便起火了，關盛年便急著去滅火，瑪爾塞和噶褚哈趁機率軍向東面的富貴山逃去，打算從太平門竄出。關盛年察覺有清兵逃竄，於是率軍攻擊，瑪爾塞和噶褚哈的滿兵都是精銳，此時正是生死存亡之時，拼命反擊。竟然擊敗了關盛年的前軍，關盛年大怒，親自提刀上陣。大刀上下揮舞，一連砍翻了二十多人，滿兵驚懼，不敢接戰，紛紛逃走。
關盛年殺散滿兵來到太平門時，滿兵大部已經逃出了太平門。關盛年鬱悶不已，命令士兵追擊。此時太陽早已落山，星月不明，滿兵到處亂竄，不少人竟然掉入玄武湖溺斃。
瑪爾塞和噶褚哈兩個人心明眼亮，帶著親兵沿著南京刑部、督察院、武廟閘一路向北遁逃。關盛年匯合趙無極一起控制了太平門。關盛年繼續率領軍隊追擊，但是四野漆黑，不辨道路，除了遇到一些迷路的零散滿兵，再沒有看到大隊滿兵。天明時分，關盛年這才發現，自己竟然還在玄武湖和黃冊庫一帶瞎轉悠。不覺氣惱，領著士兵向長江邊追來。
且說，經過一夜激戰，楊再輝的人馬殺散了內城的清軍。一路來到獅子山下。獅子山上有八百清軍駐守，這八百清軍看到南京城內火光衝天，早就已經心驚膽寒。楊再輝早就殺紅了眼，率軍隊仰攻獅子山，清軍便堅持不住開始有人丟下同伴逃竄。當擲彈筒投擲出的手雷在清軍中爆炸的時候，清軍以為李軍的大炮推上來了，士氣徹底崩潰，飛也似地逃下獅子山湧向鍾阜門，開啟城門便逃。這八百清軍一路向東逃過神策門的時候正好與瑪爾塞、噶褚哈的滿兵碰上了，於是將近兩千清軍便一起沿著長江朝東逃去。
趙無極、白駒、呂英傑、何天驕率軍從神武門追出，又碰上關盛年等人，此時天已經矇矇亮了，兩軍匯合一同追擊清軍。關盛年騎著馬，可是手下的士兵救火時將馬匹丟在成賢街外面，大多徒步追趕，在黃冊庫轉悠了大半夜早就已經疲憊不堪。
清軍也已經累得不成樣子，為行動便捷紛紛丟下盔甲倉皇逃竄。李軍士兵追擊一夜十分疲憊，鎧甲沉重行動不便。只有關盛年率領二十多騎兵追趕，何天驕更是神勇，好似渾身有使不完的力氣，見了滿兵便開弓射殺，偏偏他射箭又準，一夜之間竟然有六十人死在箭下，此時箭壺裡面空空如也，馬也跑不動了，他下了馬，邁開大腳追殺清軍，雙腿如風，大步流星。瑪爾塞和噶褚哈見到面如重棗，手提青龍偃月刀的將軍早就已經嚇得魂不附體。又見一個高大的漢子居然雙腳如飛更是驚懼。兩個人丟下盔甲，混在士兵當中逃竄。關、何二人率軍又追了二十多裡，抓了三百多俘虜。殺散一眾清軍而還。
兩天後，瑪爾塞和噶褚哈收攏了七百多殘兵繼續東進，來到高資鎮。高資鎮位於鎮江和南京之間。清軍飢餓，又見高資鎮富裕也不管裡面有多少士兵把守，全力攻打高資鎮。高資鎮李軍守軍僅僅二百多人，全是輔兵，見清軍如狼似虎地撲了上來，大叫一聲逃散開去。
當武達摩、李茂之率軍衝進滿城的那一刻，滿兵便知道已經到了最後的時刻。喀喀木揮舞戰刀大喊：“大清的勇士們，報效皇上的時候到了，殺啊！”
滿城內的兵丁和男女老幼叫嚷著一起朝著李軍衝殺而來。李存真是穿越者，參考天平天國攻破南京的故事，他知道到了最後的時刻滿人一定會拼命的。因此早有準備，使武達摩率軍稍一吸引滿兵便退到兩旁，南洋火槍兵接到命令，舉起四百多只火槍對著滿兵開火，瞬間便將衝在前面的滿兵打得血肉模糊。再一輪齊射，滿人衝上來的男女死傷一地。
喀喀木站在屋頂上，看到有小炮從城牆的缺口處推進來的時候，仰天長嘆：“皇上，奴才對不起你啊！”下令放火，轉瞬間，滿城便燒了起來。
“衝進去！”李存真下令道，“遇到反抗的就幹掉，但是婦女和兒童能救下來的都救下來，讓鐵甲軍上，告訴兄弟們注意自己的耳朵和鼻子別被咬下來。”
“是！”武達摩回答道。
且說，李存真抓住時機，趁南京最虛弱的時候給予奮力一擊。僅僅用了五天時間，南京便被攻克。這一戰，殲滅清軍兩萬多人，江南巡撫朱國治，總督郎廷佐被俘。滿清駐江寧將軍喀喀木自焚而死，滿兵將校一千多人具戰死，四百多人被俘，其中就包括巴勒山全家和薩哈林。李軍由於進攻混亂，上下級關係不夠明確損失了一千多人，其中老兵損失了二百多人，姜誠進攻二月樓老兵一次便損失了五十六人。
南京終於回到了漢人手中。李存真站在洪武門上，八九點鍾升起的太陽映照在他的臉龐上。他的臉紅堂堂的，好像成熟了的桃子。洪武門前的小廣場上，滿是呼海嘯的人群。
“大頭領，我們拿下南京了，拿下南京了！”李茂之、趙無極、常琨、呂英傑、何天驕、白駒、武達摩、關盛年、楊再輝等一干跟隨他十幾年的兄弟，在他身邊興奮得高聲喊叫，“萬歲，萬歲，萬歲！”
馬逢知擊敗滿兵，率領自己的左膀右臂上了洪武門，見了李存真立刻單膝跪地抱拳行禮說道：“大頭領勇猛非常，智如孔明，我馬逢知心悅誠服！”
洪武門下的人們興奮地叫喊著，跳躍著，狂喜的表情在他們的臉上復現。南京市民紛紛剪掉自己的辮子一邊高呼萬歲，一邊把辮子拋向空中，有的人撕碎了自己的馬褂仍在地上奮力地用腳踩踏。士兵們舉著槍高呼，不時地還朝天空放槍，在人群中騰起一陣陣白煙。
然而，李存真此時好像什麼都沒有聽見，他激動得熱淚盈眶，嘴唇顫抖地唸叨著：“十三年了……十三年了……我竟然佔領了南京……南京……十三年了……十三年了……這是我的南京……”