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木葉隱村突然遭到九尾妖狐的襲擊，四代火影波風水門犧牲生命將妖狐封印到當時還是嬰兒的鳴人身上。村人將鳴人當做妖狐的化身，對他冷眼相待，鳴人為了得到大家的認同而不斷在村裡搞惡作劇，以引起人們的注意。鳴人的目標是成為村子裡最偉大的忍者"火影"，讓所有人認同他的存在。
在忍者學校是萬年吊車尾的鳴人，終於得到伊魯卡老師的認同而順利畢業，並和同期畢業生佐助、小櫻分配到同一小組。指導上忍卡卡西為了培育鳴人他們的團隊合作精神而在生存訓練中設下各種考驗，最終判定他們合格，也使得鳴人他們學習到了團隊合作的重要性。
卡卡西小組收到任務，保護造橋專家達茲納回到波之國。但在任務途中，他們遭到霧隱村的叛忍桃地再不斬的攻擊，這也成為了他們的第一次實戰。眾人在戰鬥中各自都有所成長，也瞭解到了忍者世界的殘酷性。
鳴人他們完成任務回到村子，
火影忍者
卡卡西推薦他們參加即將舉辦的中忍考試。考試會場中強手雲集，而在考試過程中，鳴人他們遭到原屬木葉隱村、已經叛離村子的大蛇丸的攻擊，佐助也被大蛇丸在身上留下了咒印。之後，鳴人和佐助順利透過預選賽，並為即將到來的正式考試作準備。鳴人得到木葉三忍之一的自來也傳授忍術，而佐助則是受到卡卡西的專門指導。但與此同時，大蛇丸正在暗地裡醞釀著陰謀，那就是聯合砂隱村一同襲擊木葉。
鳴人在正式考試的第一場擊敗了自稱天才的日向寧次，向大家證明了自己的實力。但在考試中途，音忍和砂忍們開始向木葉隱村發動攻擊，考試也被迫中止。大蛇丸向第三代火影發起挑戰，在一場激戰過後，第三代火影犧牲，而大蛇丸也付出了失去兩隻手臂的代價，被迫撤退。鳴人則與砂隱村派來的"兵器"我愛羅交手，並成功打敗了我愛羅。
木葉隱村由於大蛇丸的陰謀而受到極大的損傷，就在此時，已經叛離木葉的宇智波鼬突然現身。鼬是佐助的哥哥，曾經誅滅宇智波一族而離開村子，這次他與霧隱村的幹柿鬼鮫一同來到木葉，似乎是以鳴人體內的九尾作為目標，並且是受到名為"曉"的組織的命令。佐助得知鼬回到村子，向鼬發起挑戰，但卻遭到慘敗。此後，自來也為了尋找新任火影的候補人選綱手，同時也為了幫助鳴人修行，而和鳴人一起外出尋找綱手的下落。
大蛇丸找到綱手，希望她能治療自己的雙手，並提出可以讓她再次見到她最重視的兩人的條件。綱手為此猶豫不決，這時鳴人和自來也找到了她。綱手對繼任火影一事心灰意冷，但她看到鳴人為了成為火影的夢想而刻苦修行的樣子，也逐漸改變了想法。之後綱手拒絕了大蛇丸的請求，昔日的三忍兵刃相見，鳴人也終於練成了自來也所傳授的螺旋丸，重創大蛇丸的部下兜。最後大蛇丸離開木葉被逼退，綱手跟隨自來也和鳴人回到木葉，成為第五代火影。
佐助因為鳴人實力的飛速成長而感到焦慮，這時大蛇丸的使者音忍五人眾前來說服他離開木葉前往音隱村。佐助為了得到最強的力量以向鼬復仇，而離開了村子去找大蛇丸。鳴人、鹿丸等人結成五人小隊前去追趕佐助，途中分別與音忍四人眾以及隨後趕到的君麻呂展開戰鬥，期間得到了砂隱村援軍的助力，好不容易才將敵人一一擊敗。鳴人追上了佐助，但佐助不打算回到村子，兩人在終末之谷使出渾身解數展開激戰，最後鳴人還是功虧一簣，敗在佐助手下而沒能挽留佐助。之後鳴人為了變強而與自來也外出修行。
在外修行兩年的鳴人回來了。但此時的"曉"也開始蠢蠢欲動，已經成為砂隱村風影的我愛羅被"曉"成員迪達拉和蠍抓走。鳴人和卡卡西小組為了救出我愛羅而前往砂隱村，並找出了"曉"的根據地，但我愛羅已經被抽離尾獸而死亡。憤怒的鳴人不顧一切地追趕迪達拉，而小櫻和砂忍者村的千代婆婆聯手與蠍交戰，最終將蠍打倒。千代婆婆犧牲自己的生命，使用轉生忍術將我愛羅復活，鳴人他們回到木葉隱村。
卡卡西由於勞累過度而住院，暗部的大和代替卡卡西帶領第七班，新的成員佐井也加入了隊伍。他們利用從蠍那裡得到的情報，前往天地橋打聽有關佐助的訊息。但佐井實際上卻是奉上司團藏的命令執行暗殺佐助的極秘任務，本打算執行任務的他在看到鳴人與佐助的羈絆之後改變了想法。鳴人等人終於在大蛇丸的根據地與佐助重逢，但佐助仍然不打算回心轉意，還是選擇和大蛇丸一起離開。而佐井則因為這一任務的契機成為了鳴人他們的同伴。
鳴人為了學會比螺旋丸更強的術而展開修行，此時"曉"的成員飛段和角都為了捕獲九尾而入侵木葉，與第十班的成員交戰，阿斯瑪在這一戰中中了飛段的咒術而犧牲。為了替阿斯瑪報仇，鹿丸等人結成新的小隊，與卡卡西一道向飛段和角都挑戰。鹿丸運用過人的智慧打敗了強敵飛段，而鳴人也終於學成了新術"風遁·螺旋手裡劍"，來到戰場支援，一擊打倒了角都，贏得勝利。
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此時佐助認為自己已經獲得了超越大蛇丸的實力而突然向大蛇丸攻擊，破解了他的轉生忍術，打倒了大蛇丸。佐助找到了大蛇丸原先的部下水月、香燐和重吾，四人組成名為"蛇"的小隊，為了尋找鼬而展開行動。在此期間，佐助與"曉"的迪達拉遭遇並交戰，迪達拉敗於佐助手下，為了證明自己的藝術而自爆，佐助卻躲在了萬蛇的體內而躲過一劫。迪達拉的隊友、戴著面具的"曉"的新成員"阿飛"本以為也死於爆炸之中，但"阿飛"卻突然在"曉"的首領佩恩面前出現，並自稱為"宇智波斑"，以幕後黑手的姿態現身。
自來也為了獲取"曉"的情報而潛入雨隱村，在那裡遇到佩恩和小南，並認出佩恩就是自己昔日的徒弟長門。雖然自來也啟動仙人模式與佩恩六道交戰，但還是不敵輪迴眼的力量。自來也為了得到敵人的情報而犧牲，臨終前讓深作仙人將情報帶回木葉。
佐助終於找到了鼬，和鼬展開激烈的戰鬥，兩人各自施展自己的絕技發動攻擊。佐助由於查克拉耗盡而導致隱藏在體內的大蛇丸重新現身，但鼬卻利用須佐能乎手裡的十拳劍封印了大蛇丸。不過鼬由於身患重病，在激烈的戰鬥過後就倒地身亡。佐助也因力量耗盡而倒下，被"阿飛"帶走，"阿飛"告訴了他關於鼬的真相。佐助得知了鼬是為了木葉的和平而被迫滅族，而決定毀滅木葉隱村。佐助將"蛇"小隊改名為"鷹"，為了得到"曉"的幫助而答應他們前往雲隱村捕獲八尾。