"喂！你們有沒有聽說啊？今天我們班上有轉學生要來耶！"
"真的嗎？"
"那是當然！小林老師剛剛都在辦公室說了！"
"哇！從柯南來了以後，這是我們班的第二個轉學生了，也不知道她人怎麼樣？要是個可愛的女孩子就好了！"
"元太！我覺得個性好才是最重要的！"
"才不是！"
"柯南，你覺得新的轉學生會是什麼樣子？"
正打著瞌睡看三個小屁孩在那裡興奮討論的柯南面對這突然甩過來的話題，打了一個哈欠後，很不給面子的隨便說了一句。
"誰知道呢？或許是一個書呆子吧！"
"什麼嘛！柯南真掃興！"
然而此刻對這個新來的轉學生絲毫沒有興趣的柯南卻不知道，正在小林老師陪同下邁步來到一年B班的對方可是對他很有興趣呢。
"大家好！我是灰原哀！"
隨著這一句冷冷的自我介紹，和柯南當初來這個班的各種笑聲不同，面對灰原哀這種可愛的女孩子，才一年級的小屁孩們為了讓灰原哀最後選擇坐自己身邊一個個的將自己的身體挺得筆直，坐姿端正的偷瞄著站在講臺上的那個女神。
然而被他們心裡默默標上女神標籤的灰原哀在掃視了一遍教室後，卻毫不猶豫的走到了坐在最後一排的柯南身邊。
"請多指教！工藤新一！"
聽到這個已經有些陌生的名字從這麼一個小孩子嘴裡吐出，原本毫不在意的柯南眼神瞬間收縮了起來。
"你是誰？還有工藤新一是誰？灰原同學！你在說什麼啊？不會是把我認成你的哪個熟人了吧？"
"呵呵！也許吧！"
在灰原哀不置可否的呵呵聲下，原本每天上課都睡覺的柯南整整一天都在忐忑不安中度了過去，他發誓這是他這十幾年來最難熬的一天。
然而當下課他追著灰原哀想要問什麼的時候，一旁殺出的步美三人卻提出要送小哀回家。
而這時，換衣櫃裡的一份委託卻又把幾人的計劃全都打亂了，一份哥哥被綁架的委託，因為那個叫俊也的小鬼說綁架他哥哥的人是一個一身黑衣的女人而讓柯南動力十足的拋下關於小哀的調查去追查起了俊也哥哥被綁架案。
結果帶著三個拖油瓶和一個看戲的小哀歷經千辛萬苦，差點被綁架犯一槍崩了的柯南最後卻發現對方只是碰巧喜歡穿黑衣服罷了，至於琴酒，伏特加什麼的反而比他還一臉懵逼。
已經找黑衣組織找瘋魔的柯南在發現事情並不是自己預料的那樣後，整個人都喪了起來。
然而在回家的路上，一直都比較沉默的小哀卻給了他一個驚喜。
"APTX4869，你知道這是什麼嗎？"
"啥？"
正思考著怎麼再弄到黑衣組織線索的柯南被這麼突然一打岔有些矇蔽的跟著問到。
"那是一種藥！是組織命令我做的藥！"
"組織？什麼組織？怎麼還讓小孩子做藥？哈哈哈！灰原同學！別開玩笑了！"
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"小孩子？你是小孩子嗎？而且我也不叫小哀，我的代號是雪莉！"
"哈？"
聽著小哀一件又一件爆出來的不該是一個小孩子知道的事情，原本還有些難以置信的柯南最後終於驚恐的發現，當黑衣組織真的離他這麼近的時候，他的內心剩下的只有恐懼。
在小哀一番連唬帶騙下，感覺阿笠博士有危險的柯南瘋狂的跑到了阿笠博士家門口，接著就是博士開始解釋他是怎麼遇到小哀的。
總之一句話，出門買了個飯，回家路上就撿到了一隻蘿莉，尼瑪這種運氣，不知道氣哭多少蘿莉控。
接著就是柯南和小哀開始磨合的過程了，有了小哀這個同樣從黑衣組織裡面逃出來的內部人員，雖然所有和小哀有關係的藥廠，研究所什麼的一夜之間都不是失火就是爆炸，彷彿整個東京都亂了起來。
但是帶著投名狀來投靠柯南的小哀還是指出了她姐姐那裡應該有她一不小心郵寄錯郵寄過去的一份磁碟資料。
對黑衣組織想要瞭解想瘋的柯南立馬順著廣田正已這條線，追查了下去。
於是在家做飯的毛利小五郎就接到了柯南想要在阿笠博士家待兩天的奇怪請求。
"隨你吧！你開心就好！"
知道柯南不會涼，即使涼了也不是自己涼了的毛利小五郎想到柯南這個小鬼不在家，對於妃英理之前推脫有小孩子在家不方便的那些事就可以施行的他居然內心莫名的的期盼柯南永遠不要回來起來。
雖然他之前就收了冒名頂替柯南母親的工藤有希子的一大筆寄宿費。而且那個打錢的戶頭還在持續不斷的累計增長著。
沒有了後顧之憂的柯南帶著新司機阿笠博士和新助手灰原哀開始前往靜岡的大作戰計劃。
然而有死神保佑的他，來到廣田教授家的時候，廣田教授已經涼了。
害怕是因為黑衣組織同樣查到這裡而殺害了廣田教授的柯南和小哀一番內心掙扎後，終於還是選擇了賭一把，頂風作案查詢一下。
於是在順手破了這起命案後，他們意外的發現了磁碟還在，只是警方還需要帶回警局當物證。如果沒問題的話，一週以後就可以還給他們。
得到磁碟的柯南彷彿已經抓到了黑衣組織一樣，整個人都放輕鬆起來。然而一旁一路上除了打擊他就是沉默不語的小哀卻突然抓著他的衣服嚎啕大哭起來。
"你...你為什麼不救我姐姐？像你推理能力這麼強的人，應該很容易就能看穿我姐姐的事情啊！可是...為什麼？為什麼啊？"
從小哀的抽泣中，得知她姐姐就是那個之前在她懷裡被槍殺的黑衣組織外圍成員廣田雅美後，思緒又一次被拉回那次十億日元搶劫案的柯南一聲嘆息後就這麼讓小哀抓著他的衣服一直哭到睡著。
而原本對小哀這個做了APTX4869毒藥的黑衣組織成員還有心結的柯南也終於徹底放下了心中的那一絲芥蒂，都是身不由己的可憐人。如果這次憑著磁碟抓到黑衣組織的話，他一定求毛利叔叔和妃英理阿姨這兩個在偵探界和律師界可以雙劍合璧的名人為小哀辯解，放她一條生路。
可惜...