肖遠發現問題，是在對03:12:31以後的數據包的分析過程中，這時不同的數據包並不完全相同，說明世界還沒有完全靜止下來。
分析工具一邊比對每一次的記憶體資料樣本，一邊將這些資料以圖表的形式展示出來，便於肖遠更直觀的觀察這些資料的變化特徵，只不過因為分析資料要花費一定的時間，所以，影象的變化比起god程式的監控影象來，變化慢了很多。
因為這裡的影象和god監控程式的顯示原理一樣，所以顯示出來的圖形也與那裡的完全相同，剛開始的時候，影象上一個與其他地方有著明顯分別區域在緩慢的四處移動，肖遠知道這個漩渦是種子的程式碼在世界中的映像。
看著種子的映像仍然存在，肖遠想起第一階段的分析中，那些不再發生變化的記憶體影像中，好像種子不見了。
“它難道被抹殺了？”肖遠盯著電腦屏幕上的分析過程，心中暗暗思忖，“不應該的，如果種子被抹殺的話，god應該會很快就將世界的平衡恢復，但是事實是沒有恢復，這其中一定發生了什麼我沒有想到的事情。”
“咦，怎麼回事？”正在思考的時候，肖遠發現原本在影象上還十分明顯，一眼就能分辨出來的種子突然消失了，接下來影象又變化了兩幀，就靜止了，既沒有繼續恢復平衡，也沒有因為不平衡而繼續變化下去。
肖遠暫停了分析軟體，從影象靜止下來的時間點提取了一個記憶體樣本，拿來和最後的記憶體樣本檔案進行了對比——完全一樣。
“種子突然消失了，然後god也不工作了，有點兒像同歸於盡。”
肖遠再次回放了剛才的影象演變過程，瞪大了眼睛盯著螢幕上的影象，想要看清楚在影象消失的一瞬間，究竟發生了什麼，但是卻一無所獲。
於是他乾脆不讓圖形自動執行了，而是手動讓這些影象一幀一幀的出現，仔細觀察，在影象消失的上一幀停了下來，仔細觀察了一下，仍然是沒有發現什麼問題，於是他將這一幀的記憶體樣本提取了出來，從中將種子的程式碼單獨提取了出來，對其進行了反匯編。
得到種子程式這一時刻的匯編程序後，肖遠發現得到的它和種子未放入世界進行進化之前的程式相比，已經發生了很大變化，閱讀時給他的感覺就像在閱讀一段全新的程式一樣，要知道這個程式根本就是出自他手。
“看來種子真的自我進化了，只是它為什麼會自動消失呢？”肖遠努力在程式碼中尋找著種子自動消失的痕跡。
將程式通讀了一遍，肖遠發現進化後的種子程式無論是長度還是複雜性都增加了很多，其中存在一段奇異的程式碼。
“這應該就是種子能夠突然消失的原因了。”肖遠覺得自己似乎已經找到了答案，但是這段程式碼很晦澀，難以理解，這讓他感到有些受傷。
“見鬼了。”肖遠不由得罵了一句，然後反覆讀了幾遍這段程式碼，並將其中涉及到的暫存器，以及暫存器之間的數據流向繪製成了影象，並找來一本這臺工作站的CPU編碼的詳細手冊，一點一點兒加以對照。
所謂讀書百遍，其義自現，程式也是如此，反覆讀過幾遍後，肖遠越來越覺得這兩端程式有些非比尋常，並有種隱隱的預感，讀懂這兩端程式將是他解開種子程式以及god程式反常表現的關鍵所在。
終於，肖遠從這些程式碼中找到了最關鍵的邏輯，卻被他的發現下了一跳，甚至有些難以置信，因為這段程式碼竟然用一種很巧妙的方法完成了一個遠端跳轉，跳轉到目的地已經超出了god創造的世界的記憶體範圍，它所使用到的指令竟然是工作站CPU的一段特殊的指令序列，而這段指令肖遠事先根本就不知道，更不會寫到程式中。
肖遠心中疑惑，如果不是他有非常豐富的閱讀程式碼的經驗，手邊又有CPU指令集的詳細資料可查，這段程式碼究竟是幹什麼用的，就算他讀上一百遍，恐怕也不會知道的。
“只是種子程式的程式碼裡怎麼會有這樣的代碼段了？”
肖遠對這個現象倍感不解，覺得不把這個現象搞清楚，會很不甘心，於是他再次將沒有反匯編之前的種子二進制程式碼拿了出來，決定從二進制程式碼入手，試試能找到什麼端倪不能。
直接閱讀二進制程式碼顯然是不可行的，好在肖遠手裡還有另外一個工具，這個工具的介面分成左右兩欄，左欄是二進制程式碼，右欄是二進制程式碼對應的彙編程式碼，兩邊對照著閱讀，就不是那麼困難了。
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可惜這樣反覆讀了兩遍，肖遠還是沒有發現什麼規律，隨即意識到自己的研究思路有點兒問題，種子的這段程序一定是進化而來的，也就是說它的程式碼本身也是在不斷演變的，自己這樣靜態的看，本身就有問題。
既然意識到了問題，肖遠馬上改變了策略，將多個記憶體樣本中的種子程式的二進制程式碼擷取了出來，然後對這些不同時間點的二進制程式碼進行了縱向比對，重點關注了那段奇異程式碼的演化過程，並不斷對比手邊的CPU指令手冊。
經過一番比對，肖遠又想到種子程式的進化還受到god程式的影響，於是又將god程序代碼拿來，橫向縱向做了很全面的分析比對，兩個小時後，他終於搞明白了這段程式碼的來歷，心中卻暗暗驚異。
首先要確定的一點，這段程式碼並不是憑空產生的，種子程式雖然具有一些初步的進化功能，但是還沒有智能化到自主的分析CPU指令集，並加以利用的逆天程度，但是它的來源卻也讓肖遠感到了一場驚奇，因為這段程式碼是從god程式中學習而來的，而god的程式中的這段程式碼來自於彙編時，匯編程序對它進行的自動最佳化。
更讓肖遠感到驚訝還有另外一件事情，種子程式學習到的這段程式碼竟然利用了god程式自身的監控機制存在的一個漏洞，執行後悔進行跨區段遠端跳轉，將自己復制到了god程式的代碼段中，而肖遠設定的種子規則中，有一條是禁止種子進行自我複製繁衍，因此當種子將自己復制到god代碼段中時，世界中的種子自動進行了自我銷燬。
種子侵佔了god程式的代碼段，結果導致與god程序代碼段有一部分被破壞掉了，從而失去了一部分功能，而這部分功能恰恰是世界的平衡修復功能，因此才會出現種子突然消失後，世界中雖然存在大量不平衡，但是god卻沒有再對其進行修復的現象。
而種子在進入god程式的代碼段之後，自身安全的到了保障，再也沒有被修改或抹殺的危險存在，於是按照肖遠最初設定的進化模型，它的自我進化也就停了下來，程式碼也不再執行。
“真想不到啊，這段程序竟然能夠找到god程式的一個漏洞，究竟是巧合呢，還是它自我進化的原因，我需要再做一下試驗……”
肖遠發現了有些很有意思的東西，進而產生了一些新的想法，於是再做幾個試驗，加以驗證，如果這些想法成立的話，他覺得自己似乎找到了一個非常實用的大殺器。