因為火人約翰的炫耀，博物館一片混亂。X教授不得不動用他的能力，修改看到他們的普通人的記憶！
博物館的電視正在報導總桶在橢圓大樓中遇刺的事件。
變種人的事件又一次被世人關注。民眾們對於變種人註冊法案表示支援，有的人甚至希望把變種人都抓捕起，關在變種人集中營裡面。
小淘氣和冰人帶著火人約翰回到學校。火人約翰一路上還在興奮的擺弄著索倫之眼。
澤維爾天才學校裡，X教授，鐳射眼斯科特和風暴女奧羅洛，鳳凰女琴葛蕾正在討論這次的總桶遇刺事件。
“我看，萬磁王才是幕後主使者！”
“我不覺得是他，斯科特！”琴葛蕾不同意斯科特的猜測。
“雖然艾瑞克可能像這樣從監獄裡操縱這些事，但是這樣做毫無意義！並且只會妨礙他想要變種人興旺的目的。”X教授分析說道。
“你是說變種人優等理論？”
“沒錯！艾瑞克認為變種人是更加進化的完美人類！”
“如果艾瑞克繼續堅持己見，那麼他們還會再次提出變種人註冊議案！”
“或許更糟！總桶可以直接宣佈戒嚴，然後再把所有的變種人扔到監牢裡去！
你們覺得行刺總桶是單獨行動？這個變種人的行蹤太飄忽不定了！
就連使用腦波強化機都很難追蹤到他！等我鎖定目標，風暴女，琴葛蕾，你們去把他帶回來。”X教授已經下定決心，找出行刺總桶的原因。
……
金剛狼羅根出去尋找記憶，他找到水壩基地，但卻沒有發現裡面的基地，模糊的記憶中完全找不到頭緒。
金剛狼羅根回到變種人學校，迎接他的是小淘氣和他的男朋友冰人波比，還有琴葛蕾！
要說這琴葛蕾，左邊跟著鐳射眼斯科特不清不楚的曖昧，右邊還跟金剛狼羅根眼神親密！琴葛蕾是真不願意傷害愛她的人，不過這樣她傷害的人更多！
誰讓金剛狼才是電影世界中的主角呢？要是在漫畫裡，那肯定是斯考特當男主角！
一趟尋找記憶的旅行，金剛狼毫無收穫！他想讓X教授幫他檢視大腦中的記憶，被教授拒絕了！
X教授希望金剛狼羅根能夠自己找回記憶，而不是用他的能力！
X教授在腦波強化機的幫助下終於找到了襲擊總桶的變種人。他派出風暴女和琴葛蕾帶回那個變種人。
橢圓大樓中，史崔克上校和助手小山百合子找到總桶。史崔克需要一項授權！
他拿出變種人學校上空拍下來的高科技飛機照片，並且說這裡面是訓練變種人殺手的殺手學校。
變成克雷參議員的魔形女雖然極力想要阻止，可是她不敢太過反對，只得任由史崔克上校得到行動授權去抓捕進攻變種人學校。
總桶允許了史崔克上校的進攻變種人學校的行動計劃。
史崔克上校滿意的離開，魔形女克雷參議員想要見一見萬磁王艾瑞克，被史崔克上校拒絕！
夜晚的時候，魔形女變成小山百合子的樣子進入史崔克上校的辦公室盜取機密文件！
她列印出來關押萬磁王的塑膠監獄地圖，所有的看守人員資料。她還看到了史崔克正在製造腦波強化機的資料。
另一邊，風暴女和琴葛蕾找到了行刺總桶的變種人——藍魔鬼！
藍魔鬼是虔誠的信徒，他心地善良，根本就不可能去行刺總桶！而且他對行刺總桶的那一段記憶根本就沒有印象！
風暴女和琴葛蕾將藍魔鬼帶上飛機，讓教授來探查真相。
這一天晚上好多人幹了好多事！X教授和鐳射眼斯科特去關押萬磁王的塑膠監獄看望老友艾瑞克，萬磁王艾瑞克告訴X教授，他把他們兩個人的秘密全都不由自主的說了出來！
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X教授被史崔克上校抓住，連鐳射眼斯科特也被小山百合子打暈。
史崔克上校命令進攻變種人學校，抓住所有的變種人。他親自進入變種人學校指揮抓捕行動！
……
史崔克的計劃非常完美！這歸功於他的兒子，幻像大師——詹森.史崔克。
詹森史崔克：變種人，他能夠製造幻覺，侵入他人的內心世界，創造類似仙境一樣的幻象世界。用他想象出來的場景和人物來控制或折磨被他侵入內心世界的人。
詹森實力非常強大！他是唯一一個能夠左右X教授強大腦波的變種人！
打個比方，如果X教授是一臺超級電腦的話，詹森史崔克就是一個非常牛逼的軟體！
X教授的大腦能力非常全面，而詹森史崔克只能製造幻象，卻不能修改記憶，控制大腦！
在變種人的電影世界中，X教授，白皇后，還有詹森史崔克，他們三個都是控制心靈上的強大變種人！（銀狐凱拉先不算）
X教授的最強大腦，詹森史崔克的最強幻術，白皇后的能力介於他們兩個人之間。
詹森史崔克的大腦會分泌出一種液體，這種液體可以讓人唯命是從，並且會消除被控制時的記憶。
每一個被史崔克控制住的人，他的脖子後面都會有一個硬幣大小的被灼燒的疤痕，這個疤痕就是滴入這種控制人行動的液體的地方。
小山百合子的脖子上有疤痕，萬磁王艾瑞克的脖子上有疤痕，行刺總統的藍魔鬼脖子上也有疤痕！這些人通通都被史崔克上校控制！
從總桶遇刺，萬磁王透漏腦波強化機的資訊，X教授被抓。一切都是史崔克上校的陰謀！
是他找人行刺總桶，嫁禍變種人，然後抓捕X教授，製造腦波強化機，想要利用X教授再殺死所有的變種人！
史崔克現在又帶著手下特種兵來到變種人學校，他要把這裡的腦波強化機搬走，順便抓一些變種人回去研究！
特種兵們悄無聲息的潛入變種人學校，他們也是夠背！被一個聲波尖叫的變種人發現，變種人的喊聲喚醒了所有變種人。
金剛狼掩護鋼力士保護學生們逃走，他一個人殺死許多特種兵，史崔克上校趕到，說出金剛狼的過去。
金剛狼羅根想到許多過去的記憶，他正要繼續詢問自己的身世，可惜被回來救他的冰人，火人和小淘氣帶走（劇情介紹完畢）。
大衛班納呂牧飛在天空中，他按照索倫之眼給出的位置飛向變種人學校。
離得很遠他就看到了史崔克上校帶來的武裝直升機。
“還好，不算晚！”大衛班納呂牧隱身落地。撤去隱身，大衛班納呂牧從一間房中走出來。
“快快，我們抓到六個人！”
“這邊還有一個人！”特種兵包圍著從房間中出來的大衛班納呂牧。
大衛班納呂牧被團團包圍，一位特種兵用麻醉槍將大衛班納呂牧射暈。
“上校！一共抓住七個變種人！剩下的變種人被他們逃脫了！”特種兵隊長彙報。
“將他們帶回基地裡！這些人都是X武器的實驗品！腦波強化室破解的怎麼樣了？”史史崔克問道。
“上校，馬上就可以進入腦波強化室！”
五分鐘後，史崔克上校站在腦波強化室的中心地帶，他對手下說道：“照著這個腦波強化室進行改造，帶走所有能用上的零件裝置！”
……