四月二十五日（5月20日），清軍攻佔揚州後，當時大雨傾盆，多鐸宣佈在揚州城內進行了屠殺。清軍攻破揚州城後進行了為期十天的大肆屠殺，史載：“諸婦女長索系頸，累累如貫珠，一步一跌，遍身泥土；滿地皆嬰兒，或襯馬蹄，或藉人足，肝腦塗地，泣聲盈野。”“初四日，天始霽。道路積屍既經積雨暴漲，而青皮如蒙鼓，血肉內潰。穢臭逼人，復經日炙，其氣愈甚。前後左右，處處焚灼。室中氤氳，結成如霧，腥聞百里。”後來由城內僧人收殮的屍體就超過了八十萬具。當時的倖存者王秀楚所著《揚州十日記》中記載屠殺共持續十日，故名“揚州十日”。
在屠城揚州的時候清軍從一個富戶進入另一個富戶。清兵們先是搶銀子，後來就無所不掠了。直到20日的白天，還沒有人身傷害。但是夜幕降臨之後，人們聽到了砸門聲、鞭子抽人聲和受傷人發出的號叫聲。
那個夜晚火勢蔓延開來，但有些地方的火被雨澆滅了。到1645年5月21日，一份告示保證說，如果藏起來的人能夠出來自首的話就會得到赦免，於是許多藏在自己家裡的人走了出來。可他們走出來後卻被分成50人或60人一堆，在三四個士兵的監督下，用繩子捆起來。然後就開始用長矛一陣猛刺，當場把他們殺死，即使撲倒在地者也不能倖免。
嘉定三屠
順治二年、南明弘光元年（1645年）在清軍攻破嘉定後，清軍將領李成棟三次下令對城中平民進行大屠殺。在屠城過程中，城中百姓或者懸樑自殺或者投井和跳河，被砍斷手和腳的百姓在地上掙扎著，清軍將一大部分逃生的百姓趕到河邊，然後將他們趕進河中紛紛淹死，河裡的水都不能流動了。清軍沒遇到一個漢人就強迫他們獻出自己家中的寶物，如果給清軍很多的東西的話就可以活命，如果給的不多或者清軍不滿意，直接把人殺掉。
崑山之屠
順治二年、南明弘光元年（1645年）昆山縣人民殺該縣清委知縣閻茂才，起兵反清。七月初六，清軍破城，隨即屠城，士民死難者達數萬人。清軍屠崑山的時候，有婦女千人藏匿在崑山頂上。有個小孩忍不住哭出聲來，被清軍發現，於是大肆屠殺這些婦女。“總計城中人被屠戮者十之四，沉河墮井投繯者十之二，被俘者十之二，以逸者十之一，藏匿倖免者十之一。”“殺戮一空，其逃出城門踐溺死者，婦女、嬰孩無算。崑山頂上僧寮中，匿婦女千人，小兒一聲，搜戮殆盡，血流奔瀉，如澗水暴下”。
嘉興之屠
順治二年、南明弘光元年（1645年）閏六月二十六日，浙江布政使司隸嘉興府為反抗清軍暴行，嘉興民眾揭竿而起，鄉的明翰林學士屠象美、明兵科給事中李毓新主其事，降清的明嘉興總兵陳梧反正任大將軍指揮義師，前吏部郎中錢棅助餉。二十六日城陷，逃不出的居民除大批年輕婦女被清軍擄掠和一些僧人倖免外，幾乎全遭屠殺。按當時人口來推，可能約五十萬餘人遇難。
江陰八十一日
順治二年、南明弘光元年（1645年）清朝頒佈剃髮令後，江陰人民舉行了反清起義，進行反清鬥爭。清廷先後調動24萬軍隊攻城，江陰人民浴血奮戰，守城八十一天，擊斃清三王十八將，清軍死傷過十萬。但終因力量懸殊，糧食罄盡，守城者全部壯烈犧牲。城破後遭到清軍血腥屠殺，繁華的街市盡為廢墟。全城只有五十三人倖免。
常熟之屠
順治二年、南明弘光元年（1645年）八月到九月，清軍先後佔領蘇州和南直隸常熟之後的縱兵焚燒殺掠。在常熟大屠殺中被屠殺的百姓無法計算，沿河沿岸都是人頭。
四川大屠殺
從順治三年（1646年）至康熙初期，滿清開始侵入四川，在四川各地進行大屠殺。順治四年（1647年）多爾袞、孝莊採取了徹底屠殺的辦法作為報復，公開釋出告示，宣稱：民賊相混，玉石難分，或屠全城，或屠男而留女。把四川人殺光了以後，就把這些行為全部推給了張獻忠，還編造出張獻忠殺人六億的謊言。根據歷史學者的研究，四川被害者不下五百萬人，而被張獻忠殺害的至多只有十四萬人，連同張獻忠統制地區其它非正常死亡，最多只有三十到四十萬人。更重要的是，在清軍開始長達十幾年的四川大屠殺前，張獻忠已經死了。“蜀人受禍慘甚，死傷殆盡，千百不存一二”。直到順治十六年（1659年），清軍攻陷渝城（重慶）後，才算平復四川。清初時以”湖廣填四川“來解決四川人口的缺口。
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此外，明末清初四川人口的銳減，是多股勢力混戰的最終惡果，並不能夠將所有責任推給張獻忠。至於張獻忠屠殺六萬萬人有奇一說，有文獻顯示事實上是四川當地的地主以及南明將領汙衊和嫁禍張獻忠。
金華之屠
順治三年、南明隆武二年（1646年）七月十六日，滿清“貝勒”博洛在浙江金華府進行的一次大規模屠城。大約有五萬人被屠殺。
明朝末年，時任兵部尚書的金華長山人朱大典毅然帶兵回金華據城抗清。公元1646年農曆六月廿四，清貝勒博洛率軍攻婺，久攻未下，後叛徒導攻西門城牆（現新華街），新築城牆被大炮轟塌，清軍潮水般湧入，金華守軍奮力拼搏，浴血巷戰。
朱大典妻妾兒媳為不受辱，紛紛手牽孫兒投井自盡，朱大典與部屬點燃火藥庫壯烈殉國，大典家20餘口共赴國難。明軍指揮部炸燬後，剩餘守軍仍堅貞不屈，節節抵抗，退集到最後的陣地———東市街。清軍破西門後一路往東殺，南北城樓先後淪陷。東市街之東是高山頭懸崖和義烏江。365年前的東市街上刀光劍影，血肉橫飛，金華先民在這裡譜寫了悲壯的史詩，守軍拒不投降，全部英勇戰死。城陷後清軍屠城，南明演義說城中被殺者十之**。李漁悲詩泣之：“婺城攻陷西南角，三日人頭如雨落”；明史也記載了大典闔家殉難的壯烈。明軍參將俞繼音祖上為南宋監察御史、戶部侍郎，繼音戰死後，其宗譜載：“繼音，明末參將，同守婺城，見危致命，忠烈可表……順治丙戌七月十六日卒”，這日正是金華城破明軍全體陣亡之時，宗譜和金華縣志記載完全相符。
涇縣之屠
順治三年、南明隆武二年（1646年）八月十七日，滿清“提督”張天祿、“池州總兵”於永綬在南直隸涇縣、徽州、績溪縣等地進行的一次大規模屠城。大約有五萬人被屠殺。
贛州之屠
順治三年、南明隆武二年（1646年）十月初四日，滿清“江西提督”金聲桓、“總兵”柯永盛在江西贛州府進行的一次大規模屠城。大約有二十萬人被屠殺。
同安之屠
順治四年（1647年）清軍攻克福建廈門和同安縣，然後屠城。福建同安縣屠城死難5萬餘人，梵天寺住持無疑和尚收屍合葬於寺東北一里之地，建亭“無祠亭”，墓碑上則刻“萬善同歸所”。
平海之屠
順治四年、南明永歷元年（1647年）七月，清軍在福建平海衛進行大規模屠城。被屠殺的無辜百姓具體人數不詳。
南昌之屠
順治五年（1648年）清軍包圍南昌。次年三月間，南昌城陷，清軍屠城。八旗軍把從南昌掠來的婦女分給各營，晝夜不停的**。這些女性”除所殺及道死、水死、自經死，而在營者亦十餘萬。食牛豕皆沸湯微集而已。飽食溼臥，自願在營而死者，亦十七八。而先至之兵已各私載滷獲連軻而下，所掠男女一併斤賣。其初有不願死者，望城破或勝，庶幾生還；至是知見掠轉賣，長與鄉里辭也，莫不悲號動天，奮身決赴。浮屍蔽江，天為厲霾。“。這些事情記載在《江變紀略》裡，此書是滿清政府查禁的重點，在乾隆四十四年被明令銷燬，靠著手抄本流傳下來。而在清軍陷城前，一些出來投降的漢人，也遭到了”男子分殺之，女子分留之“的命運。
順治六年（1649年）清軍再次佔領江西南昌，下令進行屠殺。
邵武之屠
順治五年、南明永歷二年（1648年）五月，滿清“福建左路總兵”王之綱在福建邵武縣進行屠城，被屠殺的無辜百姓人數不詳。
湘潭之屠
順治六年（1649年）正月二十一日清軍攻入湖南湘潭和沅州（今芷江），南明督師何騰蛟被俘。清鄭親王濟爾哈朗下令在湘潭屠城，湘潭城中百姓幾乎全被殺光，城中不滿百人。沅州也遭到縱兵殺掠。
同安之屠
順治五年、南明永歷二年（1648年）八月十六日，滿清“靖南將軍”陳泰、“浙閩總督”陳錦、“福建提督”趙國祚在福建同安縣進行大屠殺，大約有五萬人被屠殺。
南雄之屠
順治六年（1649年）農曆十二月二十九日，清軍抵達南雄，年三十除夕晚上清軍放火焚燒鼓樓，趁明軍慌亂救火之際，攻入城內。對南雄縣民大肆屠殺，“大清平、靖二藩克雄城，民盡屠戮，十存二三。”“家家燕子巢空林，伏屍如山莽充斥。....死者無頭生被擄，有頭還與無頭伍。血泚焦土掩紅顏，孤孩尚探娘懷乳。
信豐之屠
順治六年、南明永歷三年（1649年）三月初一日，滿清“梅勒章京”膠商攻克廣東信豐縣，進行大規模屠城。
蒲城之屠
順治六年、南明永歷三年（1649年）四月初五日，滿清“固山額真”李國翰攻克陝西蒲城縣然後進行大規模屠城。大約有一萬人被屠殺。
曹州之屠
順治六年、南明永歷三年（1649年）十月初四日，滿清梅勒章京賴惱、沂州總兵佟養量、臨清總兵宜永貴等攻克山東州曹州，進行屠城。被屠殺的無辜居民人數不詳。
汾州之屠
順治六年、南明永歷三年（1649年）九月至十一月，滿清“端重親王”博洛、“和碩親王”滿達海等在山西汾州、太谷縣、泌州、澤州等地進行規模屠城。大約有四十萬人被屠殺。
大同之屠
順治六年（1649年）清軍在大同屠殺後，全城只剩下5個重案犯。滿清派來的大同知府，上書順治帝，稱既然沒有了苦主，就可以釋放這5個人了。這份奏摺，至今儲存在第一歷史檔案館。
廣州大屠殺
順治七年（1650年）清軍攻廣州，製造了庚寅之劫，”甲申更姓，七年討殛。何辜生民，再遭六極。血濺天街，螻蟻聚食。飢鳥啄腸，飛上城北。北風牛溲，堆積髑髏。或如寶塔，或如山邱。五行共盡，無智無愚，無貴無賤，同為一區。“尚可喜屠廣州，孑遺無留；逸出城者，擠之海中。“死難十萬至七十萬人。
義大利籍耶酥會士衛匡國（Martin Martini，1614～1661）在《韃靼戰紀》中記述:“大屠殺從11月24日一直進行到12月5日。他們不論男女老幼一律殘酷地殺死，他們不說別的，只說:‘殺!殺死這些反叛的蠻子!”
荷蘭使臣約翰紐霍夫（John Nieuhoff）在其《在聯合省的東印度公司出師中國韃靼大汗皇帝朝廷》一書記述:“韃靼全軍入城之後，全城頓時是一片悽慘景象，每個士兵開始破壞，搶走一切可以到手的東西；婦女、兒童和老人哭聲震天；從11月26日到12月15日，各處街道所聽到的，全是拷打、殺戮反叛蠻子的聲音；全城到處是哀號、屠殺、劫掠；凡有足夠財力者，都不惜代價以贖命，然後逃脫這些慘無人道的屠夫之手。”
另有意見認為當時廣州人口約四十萬，而死難者約十萬人或超過十萬人。“清順治六年十月，滿清大軍抵達廣州，圍困城池長達10個月，最終攻下城池，平南王尚可喜率清軍攻陷廣州之後，屠城十日，屍橫遍地。廣州城當時人口大約四十萬，死難者約五分之一。”
潮州之屠
順治十年（1653年）清軍佔領廣東的潮州和南雄，清軍之後進行下令屠殺，“縱兵屠掠，遺骸十餘萬”，“癸巳，郡城破，橫屍遍野……收遺骸十餘萬，作普同塔於葫蘆山”。揭陽縣觀音堂海德和尚等收屍聚焚於西湖山，將骨灰葬在西湖南巖。福建同安縣屠城死難五萬餘人，梵天寺主持釋無疑收屍合葬於寺東北一里之地，建亭“無祠亭“，墓碑上則刻“萬善同歸所”。南雄縣民也遭到大肆屠殺，“大清平、靖二藩克雄城，民盡屠戮，十存二三。”“家家燕子巢空林，伏屍如山莽充斥……死者無頭生被擄，有頭還與無頭伍。血泚焦土掩紅顏，孤孩尚探娘懷乳。”
永昌之屠
順治十六年、南明永歷十三年（1659年）閏三月，滿清“徵南將軍”趙布泰、“提督”線國安等在雲南永昌府等地進行的一次大規模屠城。
另外由於清朝統治者的文字獄和歷史篡改其中舟山、蘇州、沅江、廈門、海寧等地大屠殺，史料記載很少。
滿清控制全國後，為了封鎖鄭成功義軍，下達禁海令，對沿海人民大肆屠殺，不願意遷走的斬殺無赦，並乘機掠奪婦女財物。各地為剃髮的分散屠殺：“去秋新令：不剃髮者以違制論斬。令發後，吏詗不剃髮者至軍門，朝至朝斬，夕至夕斬。”
根據一些地方史志的記載，八旗軍不僅對反抗者大肆殺戮，甚至連投靠滿清的一些小官吏都不能倖免，妻子老母都被掠去充當**隸，然後拿到市場販賣。明朝都督章欽臣的妻子金氏，不肯屈服於淫威，被用一千刀刮死。這件事被清代著名學者全祖望，冒著殺頭危險記載下來。此外，滿清軍隊還在這個各地進行了大規模屠殺。
明末時期中國人口在八千萬到一億五千萬之間，而到了康熙五十年（1711年）中國人丁數僅兩千四百六十四萬餘。也就是說這個時期中國的人口大量消失，多半是死於戰亂、饑荒等原因。
清軍慘無人道的大屠殺，從努爾哈赤屠殺遼東漢人到康熙平定三藩，歷時將近一個世紀。英國使節馬戛爾尼等人的記錄：滿清初期，他們表現得非常兇殘。建國後的最初幾年，整批整批的百姓遭到屠殺。強迫留辮子引起了騷亂，結果都被鎮壓在血泊之中。都是老爺的種族坐穩了江山，對奴隸的民族實行統治……。
屠殺明宗
明朝宗室在明末農民戰爭中，成為各地農民軍屠戮的首要物件。從崇禎十四年至十七年，就有福王、唐王、崇王、岷王、代王、蜀王等十四個顯貴王爺被農民軍整家殺掉。至於郡王及將軍之下，被殺的更是不計其數。
滿清方面，出於政治需要，自入關到順治二年夏王以前，對明朝宗室人員以誘降、“恩養“為主。清軍攻克南京後至順治八年這一段時間，滿清開始對明宗室展開屠殺。自順治八年至康熙早期，清廷又施以殺撫並用。早在皇太極入口侵掠時代，後金軍抓住明宗室王爺一般都弄死，比如德王和魯王。由山海關入京後，多爾袞開始以招撫為誘餌，在誅殺崇禎帝直系血脈的同時，滿清逮到的明宗室假裝養起來。清軍攻陷南京後，由於明宗室在南中國紛紛被人擁立起兵相抗，滿清頓露猙獰面目，接二連三地羅織罪名，很快就把本來“恩養“在北京的明朝十幾個王爺均殘酷加以處死（包括指認曾經指認崇禎太子為“假太子“的晉王）。直至順治親政後，滿清對明宗室控制才稍稍放緩，但彼時朱家血脈至近的“皇族“也沒剩下多少了。