時間回到一個月前，由於布魯斯班納的不小心，將一滴血滴入了飲料瓶中，暴露了他的位置。使得羅斯將軍找到了他的位置，派遣一對以埃米爾布朗斯基為首的特種兵前來抓捕他，雖然被正要趕去紐約治療的班納提前發現，但是最後班納還是沒有能夠逃脫，因為被一群小混混耽誤了時間。
不得已，班納化身為綠巨人，將小混混通通殺掉，和前來抓捕他的士兵小隊戰鬥了起來，輕鬆的幹掉了特種兵小隊，特種兵小隊的槍械對浩克完全沒有效果。浩克逃了出去，士兵小隊也只剩下埃米爾一個人。
班納身為物理學博士，有七種博士證書的人，一次意外受到伽馬射線的照射，變成了名為浩克的綠色怪物，它充滿憤怒，越是憤怒力量就越是強大。羅斯將軍一直致力於超級士兵的研究，他發現了浩克，想要拿它做實驗，研究出強大的超級士兵。
他追逐浩克，抓捕他，可是每一次都沒能如願，都會被浩克逃走。這次班納找到治癒變身浩克的病，他是要潛回紐約尋找化名藍先生的塞謬爾史登博士，到紐約卻意外的被他的前女朋友貝蒂羅斯發現，貝蒂羅斯是羅斯將軍的女兒，班納自然而然的被羅斯將軍發現了行蹤，在大學城被羅斯圍住了。
大學城不遠是娜塔莎和鷹眼在監視，上次弗瑞就是發現了老人喝了沾有浩克血液的飲料變的發狂，弗瑞才調娜塔莎去調查，這次他們跟蹤班納一直到大學城。由於軍方和神盾局互不統屬，他們也只是接到監視的命令。而弗瑞正在和羅斯將軍進行交涉。
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“將軍，聽說你那裡出了點麻煩，需不需要我來幫忙。”弗瑞還是那張面無表情的臉。
“不用了，弗瑞，浩克是我們的，我會處理好一切事情的。”羅斯拒絕了弗瑞幫忙的決定，他知道，如果讓弗瑞幫忙，浩克就不再歸軍方所有了。
由於羅斯將軍的拒絕，神盾局沒能介入，劇情還是按照原來的走，最後因為大雨的關係，還是被浩克帶著貝蒂逃走了。班納是來紐約找藍先生治癒浩克的，他並沒有走遠，而是在第二天又返回了紐約。班納要去格邦學院去找藍先生。班納給藍先生所發的資訊被神盾局後勤部發現，又被羅斯將軍所知曉。
在班納找到藍先生的時候，身為兵王的埃米爾完成了羅斯將軍的超級士兵藥劑注射，並且跟隨軍隊向著格邦學院而來，目標就是正在想辦法除去浩克的班納博士，而弗瑞也派來了娜塔莎和鷹眼跟隨著軍隊向著學院而來。
羅斯將軍到來的時候，浩克已經被藍先生的藥劑壓制在班納體內，藍先生向班納介紹了自己對浩克血清的研究，班納堅持讓藍先生銷燬一切實驗物品，可惜未能如願，就被軍隊抓獲。
而埃米爾布朗斯基想要浩克般的力量，他強制藍博士為自己注射綠巨人血清，但是注射綠巨人血清的埃米爾並沒有變成綠巨人，他變成了狂暴的黃色巨人憎惡，憎惡在街上大肆破壞，羅斯將軍的軍隊被殺的七零八落。
弗瑞瞭解到了情況，另娜塔莎和鷹眼出手對付憎惡，並且聯絡到託尼，希望他能夠出手。託尼沒有猶豫，當即穿上戰衣向著戰場飛了過來。而娜塔莎已經和憎惡大戰在一起，娜塔莎雖然吃下強身丹，但是其程度也只相當於築基三四層的人，完全不是憎惡的對手，全靠著靈活的身軀在周旋。
但是憎惡之前也是兵王，娜塔莎的周旋對它沒太大的用處，攻擊對憎惡造成的傷害微乎其微，在遠處的鷹眼雖然能造成一點傷害，也是稍稍阻礙憎惡的行動。但是這也夠了，託尼已經趕了過來。託尼的馬克i並沒有研發完全，現在穿的只是馬克序號系列的戰衣。
娜塔莎糾纏被憎惡看破，憎惡賣了一個破綻將娜塔莎一腳踢出很遠，撞爛了三輛汽車。重傷出局，而鷹眼被一輛汽車砸翻在地，憎惡舉起另一輛汽車準備砸向鷹眼，被趕來的託尼一個手炮打爆，救下了鷹眼。“你們沒事吧，看來情況不妙啊。這怪物哪裡來的”？
“我是不行了，強化的身體也沒法和它比，他是軍方的實驗品。下面就交給你了。”娜塔莎拖著受傷的身體去旁邊修養了。
“好吧，你們去修養吧，我讓他嚐嚐我的厲害。”託尼看著衝過來的憎惡，抬手就是一炮，可惜被閃了過去，來到託尼身前，一拳將託尼打翻在地，在地上犁了長長的一道溝。
“好吧，我小看你了。”說完從新飛了起來，託尼沒用浮游炮，而是靠著自身的素質和戰衣的效能在和憎惡遊鬥。
這時候，從天上掉下來一個人，將路面砸出一個大坑，將託尼嚇了一條，以失神又被憎惡打了出去。這時候，綠色的浩克從坑裡爬了出來，攔住了去追趕託尼的憎惡。浩克和憎惡大戰在了一起，但是浩克現在並沒有憎惡強，被憎惡扔了出去。
託尼起來，將被打壞了的戰衣脫下。看著被打飛的浩克，“好吧，又來一個怪物，還是失去理智的”。心念一動念動浮游炮浮在託尼身前，一炮將憎惡的打飛，身上打了個大洞。卻轉眼被修復了。這時候浩克也回神了，再次衝向憎惡，還隨手丟了半個汽車砸向託尼，被浮游炮打爛，沒有對託尼造成傷害。
“看來另一個也不是幫手，需要一併清除嗎？”託尼在耳邊問弗瑞。
“不要打另一個綠大個，那是官方指定要的人，它現在是沒有理智的，你想辦法把它弄暈就好兒了。”弗瑞這個任務有些難度。
“好吧，我儘量。”說完對著憎惡又是一炮。憎惡吃痛，丟一個汽車過來，被託尼閃開，浩克趁機給憎惡一拳，打的憎惡一晃，憎惡反手兩拳，將浩克打倒。又抱起路邊的電杆砸向託尼，被換了一套新戰衣的託尼閃開，反手給它一手炮，浮游炮也回了一炮。
這邊三人打的火熱，弗瑞也正和羅斯將軍討價還價。弗瑞想要浩克，而羅斯堅持浩克屬於軍方的，就是不鬆口。
“將軍，經過這次事件，你認為你能把這件事情壓下去，你的職位能不能保證還不一定，浩克交給我們，我幫你壓下一些責任。”弗瑞嚴肅的說
“這就不用你們神盾局操心了，我自己會擺平這件事情。浩克永遠是屬於軍方的，你不要想了。”浩克是羅斯將軍一生的目標，自然不肯放棄浩克。
這時候，託尼三人戰場中間光芒一閃，出現一個人影，抓住憎惡踢向浩克的腳，輕鬆的將憎惡扔了出去，將路邊兩棟大樓砸穿，反手一拳，打在浩克腦袋上，將浩克打暈了過去。而託尼看到這個身影，也停止了攻擊。
弗瑞看到來人，向著羅斯將軍說道，“我們不用爭吵了，現在誰都做不了主了”。