在全體與會的執委們的強烈要求下，洪秀全不得不做了一個深刻的檢查，而有關這次會議的內容，以及洪秀全幾經易稿的書面檢查，也隨著崑山槍擊案和杭州兵站腐敗案一起，被刊印成了共盟會中央執行委員會的檔案，隨後下發到各級共盟會的組織。在共盟會中央的要求下，結合過去一年多來的“三反”工作的經驗，各級共盟會組織旋即又展開了一場嚴謹的內部整風，對貪圖和追求享樂等等“坐天下病”，自上而下地進行自查、打預防針、批評與自我批評……
儘管在會上已經定了調子，會後，林海豐還是接連與楊秀清、石達開推心置腹地促膝長談了很多次。就在這次太平天國共盟會執委會的會議結束兩天後，共盟會的機關報《紅星報》，全文刊載了天朝最高革命指揮委員會向全國人民的致歉書，以及楊秀清、石達開、林海豐三人的檢查，同時還有林海豐、李開芳、李膏三人遭受共盟會紀律懲處的相關決定。《新天京報》、《新東方報》等全國各地及軍方的報紙也紛紛轉載了《紅星報》的內容。
又是一段時間後，有關崑山槍擊案和杭州兵站案所引發的一系列案件的真實內容，也全部披露於世，楊輔清、張遂良、黃毓生、李能通、潘福來等大大小小數十個因此而被逮捕的涉案人員，以及那個大奸商胡光墉的大名，同樣都被曬在了陽光下。此後，按照從重、從快的原則，一系列的公開審判開始了。
在崑山槍擊案中身受重傷，但當初總算是僥倖逃脫了一死的馬武來，由於其後不僅不思悔改，還參與做偽證，顛倒黑白，最後被判處極刑----絞刑（太平天國政府的新法出臺後，以往曾有的五馬分屍、點天燈等惡劣刑罰都被取消。但是為了加大刑罰的震懾力度，死刑的方式一共保留了三種，即絞刑、斬首和槍決。按照新刑法的規定，絞刑地適用範圍並不大，它的物件僅僅是針對於罪大惡極的土匪，武裝顛覆天朝政府的罪魁。再有就是犯罪的天朝官員）。宣判的幾天後，當馬武來抱著傷軀剛剛能夠勉強下地走動地時候，他就像灘爛泥似的被架上了絞刑架；
按照所犯的罪惡，潘福來本當被處以絞刑而在法庭上，經過主審法官與民眾推舉出的由崑山地區九名各界人士組成的人民陪審團相互認真協商，姑念其揭發杭州兵站腐敗案有功，最後雖然還是一致認為應當判其死刑，但是潘福來總算免於了絞刑架，改為了斬首；
李能通、黃毓生等崑山及上壺站的涉案官員。凡是接受了潘福來賄賂的，一律都被處以死刑。內務部安全局在蘇州的派出機構的某些人員，為了爭功而放棄原則。險些製造出一起駭人聽聞地假案，雖然經過調查之後，證實了這些人員並未在此案中謀取錢財，但是，涉及此案的大小官員不僅被全部清理出內務部，還在人民陪審團的強烈堅持下，分別領到了半年至三年不等地刑期∷民陪審團的理由很簡單，如果不是天朝政府的及時干預，崑山案就會在這些人手中被定成另外一種樣子的鐵案【應是受害人的梅玉，就將成為天朝政府刀下的冤魂，因此，蘇州安全局的做法無異於是謀殺未遂。
而在另外的那起杭州案中，在被應邀參加公審大會的數百名杭州民眾地一陣陣怒罵聲中，貪婪、卑鄙的奸商胡光墉毫無爭論地被判處了絞刑，並罰沒了其全部的家產；
儘管所得的錢財僅僅才花銷了數百兩，大頭在其接受調查期間就全部上交，可張遂良照樣也未能逃脫絞刑的命運。
在天京的臨時軍事法庭上。天朝紅軍總參謀長黃再興親任主審大法官，由總後勤部長李開芳、工程兵總監吉文元、紅海軍總監羅大綱，以及來自原隸屬於湖南軍界的數位代表所組成的陪審團，對楊輔清一案進行了審理。審理期間，天京軍政兩界的眾多官員，在最高革命指揮委員會及共盟會中央地要求下，前往參加了旁聽。在此之前的楊輔清就已經被開除了共盟會的會籍，審理中間，楊輔清對自己的罪行全部供認不諱、表露出了極大的悔恨。經過了三天的辯論。楊輔清被臨時軍事法庭判處徒刑三年，被遣送到新疆農墾兵團接受勞動改造。
“我曾經太看重自己手中的權力了〔太看重自己的特殊身份了，為了自己的利益，我可以蔑視一切。在我地心裡，從來就沒有想到過還會有今天這樣地結局。現在我終於明白了……我真的是罪有應得，我感謝天朝對我地及時挽救，如果沒有今天這樣的提醒，我想……我一定還會在罪惡的道路上滑的更遠……”楊輔清的這番話，給所有在場的官員們敲響了警鐘。
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在這一系列的審判之中，唯一躲過了重處的一個人，就是盧賢拔。作為共盟會會員的盧賢拔，他受到了盟內記大過的嚴重處分，並被撤銷了委員長辦公室主任的職務，以一個普通秘書的身份，繼續被留在了楊秀清的身邊工作。而接替盧賢拔職位的，則是紅軍總政治部中與楊秀清一向感情不錯的何震川。
一清早。盧賢拔依舊按照往常地慣例份一份地給楊秀清念著各地報紙上地新聞。代表天朝政府地蘇三娘一行。在崑山梅家登門道歉地舉動。連日來一直鬨動著整個崑山周邊乃至上海u其是在崑山案宣判之後地當天。成千上萬自發地民眾湧上街頭。激情迸發地人們捧著萬民傘、萬民靴。抬著“百姓地衙門”地牌匾】至新地崑山縣府門前。
上海、江浙地報紙上更是充斥著各界地一片讚譽之聲。
其中。上海外僑區一家由英國人剛剛創辦地中文報紙。面對著天朝所發生地這一系列驚天動地地大事件〔不得不發出這樣地感慨。“……這樣地政府。這樣地政權。再加上這樣地衷心愛戴著他們地人們。在這個世界上。除非他們不願意去做。否則地話。還有什麼事情會是他們所做不到地呢！”
地確。為了這個全心全意庇護自己地政府。善良地人民在熱情宣洩了之後。展現出來地是一個個與政府同舟共濟地實際行動。蘇杭兩地。包括上海地官員們突然發現。市場上地棉花居然在毫無任何徵兆地情況下脫銷了。正當大家手忙腳亂。緊急聯絡各地調運棉花之際。各地政府卻開始陸續收到了一戶戶人家送上門來地棉質被服。半個月不到。收到地各式棉被服就將有數萬套。儘管這些被服樣式各異⌒類似紅軍外衣地〔有長長地棉袍。而色彩同樣是更不統一。但它們卻都有著一個共同點。那就是件件厚實。
一位抱著棉袍而來地蘇州老婆婆是這樣說。“這裡面可是足足蓄了兩件棉袍地棉花。都說關外苦寒啊。孩子們穿地少了哪裡受得了。俺孤老婆子一個。天朝替俺把啥都想到了。俺也沒地本事了。只能做一件這樣地袍子出來。怎麼也可以暖和一個孩子。”
而更多樸實地農民們。則是勒緊褲腰帶。把家裡地存糧送進了天朝地糧庫。各地工廠地工人們則發出了不要一文地酬勞。每天加班一個時辰地吶喊……
“委員長，林主任看的就是遠啊！”盧賢拔望著被這一條條令人感動的訊息鬧得陷入了深思之中的楊秀清，由衷地感慨著。
“是啊，”楊秀清抬起頭，看了看盧賢拔，隨後又瞅了瞅窗外，默然了好一會兒，這才又嘆息了一聲，“林海豐這個傢伙……你說要是按照咱們辦法來，百姓們對待咱們還會是今天的這個樣子嗎？”
盧賢拔沒有回答，只是搖搖頭，笑了一笑。其實，楊秀清也用不著他來回答什麼，答案都已經明擺在那裡了，誰心裡都有數。
籠罩在天京上空的陰霾散去了，天空更加晴朗，太平天國這架龐大的機器，也在更加歡唱地運轉。
東北、西北、華北及蒙古四大軍區已經步入了正常運轉，北方行營的歷史使命已經完成，林海豐坐在天京，開始集中精力籌備定於明年召開的全國人民代表大會，親自帶隊，組織人馬開始起草太平天國的第一部憲法。同時，針對未來的國家體制，也對內務部的進行了全面的改造。
除去調出部分人員充實和加強紅軍總參謀部情報局及律政部相關部門的工作之外，原有的內務部被拆分為了三大塊，第一塊是老本行，依然屬於內務部。第二塊的國家公共安全事務，交給了新設立的公共安全部。第三塊則是同時承擔著共盟會內部紀律檢查任務的國家監察部。
鑑於以往實際工作中的經驗教訓，防止地方政府插手相關事宜，有礙司法公正，各地相應設立的內務部、公安部以及監察部的分支機構，一律作為以上中央三部的派出機構，直接接受本部的領導，一應財物均由本部統一調配。
而在林海豐忙著這些的同時，鄭南也在著手指導律政部，為今後施行新制法院的組織法及刑事訴訟法，採行檢察官制度、律師制度做著一應充分的準備。在這股春風之中，天京司法警官學校、上海法學院也相繼正式成立，一大批經過戰火考驗的年輕有為的青年軍人，從各地集中到了這裡，不久，他們將成為天朝未來的第一批接受過科學、系統培訓的法官和檢察官。