鳴人很快就知道了，長門輪迴天生復活的，果然是宇智波斑！
從木葉打來的衛星電話傳來訊息，藥師兜的考古工作間發生了騷動，宇智波斑遺骸突然復活，駕駛著完全版須佐能乎大鬧了一番，毀壞了好幾個街區，最後殺出了木葉。
復活的宇智波斑很強，但木葉守備軍也不弱，在邁特羅、洛克李、天天、寧次、綱手、卡卡西、君麻呂、紅蓮等人的奮力抵抗下，也只能打消當成毀滅木葉的念頭，暫且退走。
原劇情中，宇智波斑將輪迴眼移植給長門，就是打算將來蠱惑長門施展輪迴天生將他復活，可是長門卻在鳴人的說服下，用輪迴天生復活了木葉村被他殺死的村民和忍者，計劃才不得不改為由帶土尋機復活宇智波斑。
劇情線改變之後，人柱力被鳴人收攏送到了萬里之外，曉組織和帶土提前暴露，被鳴人制服，隱藏在暗處觀察的絕要是不立刻採取行動，未來也就沒什麼月之眼計劃了，十尾無法復活，大筒木輝夜就只能繼續封印在月亮上。
雨隱村被神羅天徵化作一片廢墟，長門逝去，小南獨力難支，索性帶領全體雨隱忍者和雨隱村民加入了木少聯盟。
曉組織的目標之一是把這群蛀蟲般的大名也順手幹掉，在這一點上和木少聯盟目標一致。
雨隱村加入之後，木少聯盟再次更名，考慮到將來還有可能有新的成員加入，就命名為“忍界革命同盟”，建立起了一個更加廣泛的，吸納一切意圖推翻大名，恢復忍界和平，建立民主議會制度的有志之士加入的革命組織。
曉組織內部發生了分裂，幹柿鬼鮫、迪達拉和蠍在絕的煽動下和他一同投奔宇智波斑，宇智波鼬臥底身份暴露，和幹柿鬼鮫分道揚鑣後不知所蹤。
鳴人等人押送著帶土返回木葉村，和他們一同前往木葉的，還有長門、彌彥和小南三人組，當然，長門和彌彥都是穢土轉生之體。
三位流落在外的木葉傳人回到了木葉村，和原劇情中前來毀滅木葉不同，他們要在這裡學習，學習如何才能成功地進行一場真正的革命，如何才能建立起一個成熟的國家體制。
他們所學的，乃是鳴人結合著龍之國典籍中記載的另外一顆星球革命歷史而編纂的政治經濟學課程。
長門和彌彥的穢土轉生體的存在不會長久，他們只是陪伴小南一起學習，儘量幫小南學有所成，好將雨隱村和曉組織改組為政黨，用文鬥取代武鬥，確立新黨派的施政方針，為將來的民主選舉做好準備。
宇智波斑的復活，令整個木葉都沉浸在山雨欲來風滿樓的緊張感之中，誰也不清楚拿到了輪迴眼的宇智波斑究竟有多難對付，也不知道他什麼時候會捲土重來。
可以肯定的是，宇智波斑一定會捲土重來，毀掉木葉村對於他來說簡直是人生願望清單的最重要的選項！
何況，只有鳴人才知道人柱力和尾獸們的海外藏匿島嶼，想要復活十尾，成為十尾人柱力召喚神樹降臨，宇智波斑就必須抓住鳴人。
返回木葉後，鳴人立刻忙碌起來，盡一切努力加強木葉村的防禦，提升自身的實力，探查宇智波斑的去向，做好應戰準備。
……
結束了一天的工作，夕陽西下，佐助在暮色中踏上了回家的路。
鳴人總是忙得不可開交，佐助的工作卻並不太多，因為佐助的學識遠遠遜色，過於複雜和重要的工作無法勝任，只能一邊學習，一邊先從簡單的工作做起。
既然是簡單的工作，就不需要太花時間，也不是很累人，佐助其實很心急，他不喜歡這麼輕鬆悠閒，希望能承擔更多，就算不能和鳴人媲美，也要發揮出應有的作用。
要不然，他都覺得自己越來越沒存在感了。
當然，佐助的實力不差，同為龍地洞傳人，開啟了萬花筒寫輪眼，能運用仙人模式，佐助已然達到超影級實力，戰鬥力在木葉村也能排上前三。
可是，現在的佐助卻不以實力強大為榮了，反倒覺得學識更加重要。
佐助原來的人生目標只有殺死哥哥宇智波鼬，但當他審問過團藏和帶土，質詢了猿飛日斬之後，復仇的慾望大大降低，甚至覺得鼬也不過是被命運捉弄的可憐人，在那個特定的歷史時期，被逼迫到了不得不在村子和家族二選一的窘境之中。
當佐助從團藏、帶土和猿飛日斬三人口中得知鼬所做的一切都是為了保全弟弟，被他們指使，條件出奇的一致，就是不允許他們向自己下手，更是心中百感交集。
對於知道了一切的佐助，殺死宇智波鼬還有什麼意義？
儘管還是無法原諒哥哥，佐助的殺意卻漸漸消散了，人生目標也發生了轉變。
鳴人曾對他說過，將來希望他也能參選，成為統御忍界的領袖，到時完全可以按照心中理想來施政，使得世界更加美好。
佐助的心中，也確實藏著一個成為領袖，以自己的意志改造忍界的願望，在原劇情中，封印大筒木輝夜之後，他不惜和鳴人在終結谷一戰，就是為了嘗試實現這個願望。
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如今的佐助又拾起了這個願望，樹立了新的人生目標，但與原劇情中不同的是，佐助並沒被力量迷惑住雙眼，產生出“我上我就行”的迷之自信，而是時刻把自己和“治國賢才”鳴人相比較，越是比較越發現自己身上不足很多，越是需要不斷努力學習。
今天下班很早，佐助卻早已安排好了夜間學習計劃，他要從方方面面瞭解忍界情況，搞清楚民眾們的需求，學習如何科學管理，如何提振經濟，如何開展生產建設……
……
佐助的家還是原來的舊宅，走進家門，習慣性地，他說了一句“我回來了。”說完這句話，佐助凜然一驚，隱隱感知到房子裡有人在活動！
草雉劍出鞘，持劍在手，佐助冷聲喝道：“什麼人？”
那人沒有回答，佐助快步急奔，衝進了房子的客廳，卻見一個臉色憔悴的青年男子跪坐在客廳的榻榻米上，自己給自己沏好了茶，看著房間一角的神龕怔怔地發著呆。