碇源渡死了，這個一直作為幕後黑手的人死了，而沒有了他，人類補完計劃直接就要擱淺，但這還不是最重要的，最重要的是，他是主角的父親，初號機潛藏靈魂唯的丈夫，也是綾波麗最在乎的人，更是人類補完計劃的執行者。
他身上的種種身份讓他的死就像一顆原子彈被引爆了一般，那滔天的風波在短短一個小時之內就席捲了整個世界，並且誰鬥毆沒有注意到，亞當消失了，渚薰也消失了。
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消失的亞當跟渚薰在哪裡呢？此時的他已經提著裝亞當的箱子繞過了中央教條區，進入了最底層，來到了被釘在十字架的莉莉絲面前。
渚薰來到這裡的目的就是釋放莉莉絲，跟舊軀融合，成就永恆迎接新的時代，而一旦他成功，第三次衝擊就會到來，那時地球上所有的生命都會消失。
正是因為這種劇烈的變化，系統才加大了能量的輸出，將入侵速度再一次提升，而此時系統入侵這個世界的程度已經達到了百分之八十，也就是說，除了最核心的區域外，這個世界絕大部分都在它的控制之中。
“也就是說，接下來只要全力攻陷這個世界的核心，拿下這個世界的控制權，這個世界就歸我了，對不對？”葉雲站在視窗前，看著漸漸西斜的太陽，緩緩說道。
“是的，不過由於核心也就是天道法則依然還在這個世界的世界意識控制下，所以一旦它發現不對，還是有可能自爆摧毀這個世界。”系統的話讓葉雲心中的興奮稍微減弱了一些，不過他的臉上依然掛著燦爛的笑容。
葉雲想了想，道：“那就加快入侵的速度，先讓它無法自爆這個世界，到時即便被發現，最多有點損傷，但我們也還依然能拿下這個世界，我可不想這麼多能量打水漂了。”
系統沒有回答葉雲的話，不過葉雲卻又感覺到了一點輕微的眩暈感，想來是系統再次加大的能量的輸出，而葉雲作為系統的宿主，雖然這些能量不是用他的，但也是經由他的身體作為通道，因此他感覺到了點點不適。
葉雲明白，這是自己的身體快要到達極限了，如果能量的輸出再加快，他的身體就有可能會受到損傷，所以他連忙在房間當中佈下結界，然後盤腿坐了下來，他要調整自己的狀態，讓自己時刻處於最佳狀態才行。
在葉雲盤膝坐下的時候，第三冬京市的最底層也發生了劇烈的大戰，跟舊軀融合的渚薰變得巨大無比，而且頭頂因為能量的富集產生了一個類似於天使頭頂上的光圈，而一旦他長出翅膀並拔出插在莉莉絲身上的朗基努斯槍，第三次衝擊將會來臨，於是所有的eva盡皆出動，前來阻止渚薰拔出朗基努斯槍。
然而，在地上戰鬥的雙方都沒有注意到，原本只是臨近落日時分，太陽還沒有落山，但此時的天空卻已經變得通紅，就好像天上的雲朵真的燃燒了一般。
“轟！”
無論是eva還是使徒，雙方一旦戰鬥起來那破壞力都是巨大的，更何況還是從新融合了舊軀的亞當，因此很快明日香他們幾個就被擊敗了，只剩下碇真嗣跟他的初號機還在堅持。
“真嗣，沒想到我有一天居然會成為敵人，不過不要怪我，要怪就怪你父親吧，要不是他，我也不會變成現在這個樣子，不過現在說什麼都遲了，真嗣，現在就讓我們決一死戰吧！”
“轟！”
渚薰的話說完，雙方再次對撞在一起，而因為綾波麗跟明日香被擊敗，生命安全危在旦夕，在得知自己的父親是死在渚薰的手裡，碇真嗣癲狂了。
碇真嗣的癲狂對應在初號機的身上就是“暴走”，初號機再次暴走了，而且這次暴走不再是初號機單方面的暴走，進而陷入無意識的混亂狀態，這次的暴走碇真嗣的意識依然是清醒的，他依然能控制初號機，而且他跟初號機的同步率已經達到了百分之四百。
百分之四百的同步率代表著什麼？百分之四百的同步率代表著，碇真嗣的身體已經消融在了lcl當中，徹底跟初號機融為一體了，就跟他的母親當初一樣。
徹底跟初號機融為一體的碇真嗣真正發揮出了eva的實力，那狂暴而彭拜的at立場洶湧而出，隨後因為能量太過巨大，初號機的頭頂也出現了一個光圈。
在指揮部的葛城美裡他們看到眼前的這一幕，臉上露出了苦澀的笑容，這個光圈代表著什麼，他們這些知情人都懂，而一個光圈已經夠致命了，現在還出現了兩個，也就是說，如果沒有意外的話，第三次衝擊的到來已經無法避免，因為無論是誰生誰敗，勝者都會成神，然後那巨大的力量就會引起強烈的衝擊，將會將剩下的生物全部殺死。
碇真嗣他們這邊的戰鬥進入了關鍵時刻，葉雲他們這邊也來到了關鍵時刻，系統嚴格的執行了葉雲的想法，然後系統的入侵就被發現了，不過世界意識發現的有點遲了，此時的他已經無法將整個世界都摧毀了，現在的它只能拼命抵抗系統的入侵，將系統趕出核心區域之後才能自爆這個宇宙，讓系統無法得手。
現在這種情況，這個世界可以說已經有九成九屬於他們了，接下來只要消耗大量的能量，然後花費時間慢慢磨就好了，不過葉雲也付出了巨大的代價。
系統雖然在短時間內暴力入侵了這個世界的核心，達到了葉雲之前所說的目的，但葉雲也因為能量的輸出一再提高，身體也出現了損傷，此時的他身體已經出現了不少細微的傷口，身上的衣服都已經被滲出的血染紅了，而且此時系統的能量也只剩下百分之四十多一點。
葉雲檢視了一下自己身上的傷勢，在看了下系統所剩的能量，苦笑道：“按照現在這種情況，這個世界就算拿到手，我們的能量最多也就剩下百分之十，損失慘重啊，早知道會是這樣，還是穩妥一點比較好，不過，值。”
葉雲的“值”字才落，一股強烈的眩暈感突然襲來，讓他忍不住氣血翻騰，猛的噴出了一口鮮血鮮血，然而這還沒有完，他才噴完血，一股鋪天蓋地的強大威壓便落到了他的身上，而他佈下的防禦陣法就跟泡泡一樣，直接被戳破了，連一點抵擋的作用都沒有發揮。